Παναγία Φανερωμένη πρωτοκτίστηκε τον 14ο αιώνα και είναι συνδεδεμένη με πλήθος θρύλων και παραδόσεων. Είναι τρίκλιτη, καμαροσκεπής έχει χτιστεί σε τρεις διαφορετικές περιόδους και βρίσκεται κοντά στο Ηρώον και το Παλαιό ∆ημοτικό Σχολείο.
Μέσα στην Παναγία τη Φανερωμένη λειτουργεί εκκλησιαστικό μουσείο, όπου εκτίθενται εικόνες προερχόμενες από διάφορες εκκλησίες των Αρχανών (οι αρχαιότερες του 16ου και οι νεότερες του 20ου αι.), εκκλησιαστικά κειμήλια (το φελόνιο του παπα-Παύλου που κέντησε η πρεσβυτέρα του και κτήτωρ της εκκλησίας Μαρία Αρχογαροπούλα, ευαγγέλια, ασημένια δισκοπότηρα, επάργυροι δίσκοι κ.λπ.), καθώς και ενθύμια από την επανάσταση του 1897, το εντυπωσιακότερο των οποίων είναι το τηλεσκόπιο του Ναπολέοντα! Το δώρισε ο Ναπολέων στον ιδιοκτήτη του σπιτιού, κάποιον Χλαπούτη, που τον φιλοξένησε για ένα βράδυ στην Ιεράπετρα, όπου στάθμευσε πηγαίνοντας προς Αίγυπτο. Το 1897 το τηλεσκόπιο παραχωρήθηκε στην Επαναστατική Επιτροπή των Αρχανών για τις ανάγκες του αγώνα και κατέληξε στο μουσείο της Παναγίας της Φανερωμένης.
Μέσα στην Παναγία τη Φανερωμένη λειτουργεί εκκλησιαστικό μουσείο, όπου εκτίθενται εικόνες προερχόμενες από διάφορες εκκλησίες των Αρχανών (οι αρχαιότερες του 16ου και οι νεότερες του 20ου αι.), εκκλησιαστικά κειμήλια (το φελόνιο του παπα-Παύλου που κέντησε η πρεσβυτέρα του και κτήτωρ της εκκλησίας Μαρία Αρχογαροπούλα, ευαγγέλια, ασημένια δισκοπότηρα, επάργυροι δίσκοι κ.λπ.), καθώς και ενθύμια από την επανάσταση του 1897, το εντυπωσιακότερο των οποίων είναι το τηλεσκόπιο του Ναπολέοντα! Το δώρισε ο Ναπολέων στον ιδιοκτήτη του σπιτιού, κάποιον Χλαπούτη, που τον φιλοξένησε για ένα βράδυ στην Ιεράπετρα, όπου στάθμευσε πηγαίνοντας προς Αίγυπτο. Το 1897 το τηλεσκόπιο παραχωρήθηκε στην Επαναστατική Επιτροπή των Αρχανών για τις ανάγκες του αγώνα και κατέληξε στο μουσείο της Παναγίας της Φανερωμένης.
Στον περίβολο της εκκλησίας, που χρησιμοποιήθηκε μέχρι το 1902 ως κοιμητήριο των Αρχανών, υπάρχει το παρεκκλήσι του Αγίου Αντωνίου, το εντυπωσιακό καμπαναριό της Φανερωμένης με ανάγλυφες παραστάσεις -χτισμένο το 1857- και το ρολόι, που κατασκευάστηκε το 1930 με δωρεά των Αρχανιωτισσών της Νέας Υόρκης και της Βοστώνης
