Ο Οσιότατος Αρσένιος ο Καππαδόκης γεννήθηκε γύρω στα 1840 μ.Χ. στα Φάρασα ή Βαρασιό, στο Κεφαλοχώρι των έξι Χριστιανικών χωριών της περιφερείας Φαράσων της Καππαδοκίας. Οι γονείς του ήταν πλούσιοι σε αρετές και μέτριοι σε αγαθά. Είχαν αποκτήσει δύο αγόρια, τον Βλάσιο και τον Θεόδωρο (τον Άγιο Αρσένιο).
Από μικρή ηλικία έμειναν ορφανά και τα προστάτεψε η θεία τους, αδελφή της μητέρας τους. Ένα θαυμαστό γεγονός που συνέβηκε στα παιδιά και την θαυματουργική διάσωση του μικρού τότε Θεόδωρου από τον Άγιο Γεώργιο που τον έσωσε από βέβαιο πνιγμό, είχε ως αποτέλεσμα, για τον μεν Βλάσιο να δοθεί με τον δικό του τρόπο στον Θεό, να τον δοξολογεί ως δάσκαλος της Βυζαντινής Μουσικής και κατέληξε αργότερα στην Κωνσταντινούπολη, για τον Θεόδωρο δε να θέλει να γίνει καλόγερος.
Στη συνέχεια μεγαλώνοντας, στάλθηκε στη Νίγδη και μετά στη Σμύρνη όπου τέλειωσε τις σπουδές του.
Στα είκοσι έξι του περίπου χρόνια πήγε στην Ιερά Μονή Φλαβιανών του Τιμίου Προδρόμου (Ζιντζί-Ντερέ) όπου αργότερα εκάρη Μοναχός και πήρε το όνομα Αρσένιος. Δυστυχώς όμως δε χάρηκε πολύ την ησυχία του, διότι εκείνη την εποχή είχαν ανάγκη μεγάλη από δασκάλους και ο Μητροπολίτης Παΐσιος ο Β’, τον χειροτόνησε Διάκο και τον έστειλε στα Φάρασα για να μάθει γράμματα στα εγκαταλειμμένα παιδιά. Αυτό φυσικά γινόταν στα κρυφά, με χίλιες δυο προφυλάξεις, για να μη μάθουν τίποτε οι Τούρκοι. Στο τριακοστό έτος της ηλικίας του χειροτονήθηκε στην Καισαρεία πρεσβύτερος με τον τίτλο του Αρχιμανδρίτου και την ευλογία ως Πνευματικός.
