To Κάτω Μετόχι, όπως και όλα της επαρχίας, είναι κτίσματα που δημιουργήθηκαν μετά το 15° αιώνα. Τότε αποφάσισε η Βενετία να καλλιεργήσει και πάλι τον κάμπο του Λασιθίου ύστερα από την υποχρεωτική ερήμωσή του για 200 χρόνια. Οι ενοικιαστές-καλλιεργητές από τις γύρω επαρχίες έκτισαν πρόχειρους οικισμούς για την εποχική διαμονή τους την περίοδο της σποράς και του θερισμού και γι' αυτό αναφέρονται στην απογραφή του Καστροφύλακα ως μετόχια, με την κρητική ονομασία και όχι χωριά (casali). Μόνο αυτός ο οικισμός διατήρησε το χαρακτηριστικό μετόχι και ονομάζεται Κάτω, επειδή βρίσκεται στο χαμηλότερο σημείο του οροπεδίου, όπου είναι ο Χώνος, δίπλα από το χωριό. Εκεί που χωνεύουν τα νερά της βροχής.
Ένα άλλο όνομα, με το οποίο συναντάμε το χωριό και μάλιστα διατηρείται έως το 1881, είναι Γαϊδουρόμαντρα. Αυτό είχε στην απογραφή του ο ιστορικός Καστροφύλακας. Μια υπόθεση για αυτό το όνομα είναι ότι εδώ βρισκόταν σταθμός υποζυγίων (μουλάρια, γαϊδούρια) για ξεκούραση, προκειμένου να αρχίσει το άλλο τμήμα της πορείας τους προς το Καστέλι της Πεδιάδος, όπου βρίσκονται οι μεγάλες αποθήκες σιτηρών κατά την περίοδο της ενετοκρατίας.
Στην απογραφή του Καστροφύλακα αναφέρεται (Κ 104) ως Mettocchio Gaidaromandra το 1583 με 89 κατοίκους. Τότε ήταν ένας από τους πιο μεγάλους οικισμούς του Οροπεδίου. Το αναφέρει και ο Ιστορικός Βασιλικάτα ως Metochio Gaiduromandra με 15 σπίτια (Μνημεία Κρητ. Ιστ. V, σ.29). Με το όνομα Gaiduri Mandra αναφέρεται και στην τούρκικη απογραφή του 1671 με 20 οικογένειες (Ν. Σταυρινίδης, Μεταφράσεις, Β', σ. 136). Σε άλλο τούρκικο έγγραφο του 1691 (σ.379) αναφέρεται ο χαΐνης Τζανής, υιός του Εμμανουήλ από το χωριό Γαϊδουρόμαντρα.
Στην αιγυπτιακή απογραφή του 1834 αναφέρεται ως Gaidhuromandra και Gerontomuri με 30 χριστιανικές οικογένειες (Pashley, Travels in Crete, II, 321). To 1842 το αναφέρει ο Χουρμούζης Βυζάντιος (Κρητικά 49) ως Κάτω Μετόχι, ενώ το 1881 αναφέρεται ως Μετόχι στο δήμο Ψυχρού με 146 Χριστιανούς κατοίκους και το 1900 Μετόχι με 148 κατοίκους, το 1920 είναι έδρα αγροτικού δήμου με 167 κατοίκους , το 1928 έδρα ομώνυμης κοινότητας με 234 κατοίκους , το 1940 με 251, το 1951 με 239, το 1961 με 190, με 1971 με 177, το 1981 με 130, το 1991 με 183 και το 2001 με 154.
