Η Πολιορκία του Χάνδακα υπήρξε η τελευταία μάχη των Βενετών στον Μεγάλο Κρητικό Πόλεμο, την προσπάθειά τους να διατηρήσουν την Κρήτη, που κατείχαν απο το 1211. Η πολιορκία του Χάνδακα, του σημερινού Ηρακλείου, ξεκίνησε το Μάιο του 1648 με την άφιξη του οθωμανικού στόλου και την απόβαση των Οθωμανών έξω από την πόλη. Διοικητής τους ήταν ο μετέπειτα Βεζίρης Κιοπρουλού Φαζίλ Αχμέτ πασάς, ενώ διοικητής των πολιορκημένων ο Φραντσέσκο Μοροζίνι, μετέπειτα κατακτητής του Μωρέα και Δόγης. Οι Οθωμανοί χρησιμοποίησαν πυροβολικό προκειμένου να διασπάσουν τα τείχη της πόλης, χωρίς αποτέλεσμα.
Σε απάντηση της πολιορκίας οι Βενετοί επιχείρησαν να αποκλείσουν τα Δαρδανέλλια, καθώς και να κάνουν απόβαση στην περιοχή του Χάνδακα, όμως και οι δυο προσπάθειες απέτυχαν. Την ίδια τύχη είχε και μια εκστρατεία των Γάλλων να απελευθερώσουν την πόλη το 1669, που κατέληξε σε καταστροφή με την ανατίναξη μάλιστα της Γαλλικής υποναυαρχίδας από ατύχημα. Κατόπιν αυτών ο Μοροζίνι μη έχοντας επιλογή διαπραγματεύτηκε την παράδοση της πόλης, την οποία αποδέχθηκαν οι Οθωμανοί, επιτρέποντας στο σύνολο των υπερασπιστών της πόλης που είχαν απομείνει -περίπου 3.600- να αποχωρήσουν με κάποια από τα υπάρχοντά τους. Ο πληθυσμός, στον οποίο δόθηκε περιθώριο δώδεκα ημερών καλού καιρού για να ετοιμαστεί, επιβιβάστηκε σε πλοία με κατεύθυνση τα νησιά του Ιονίου, τα οποία κατείχαν τότε οι Ενετοί, στα οποία ωστόσο λίγοι από τους πρώην κατοίκους του Χάνδακα έφτασαν. Ο Μοροζίνι κατηγορήθηκε για την εγκατάλειψη της πόλης, ωστόσο αθωώθηκε ύστερα από σύντομη δίκη.
Η πολιορκία του Χάνδακα πέρασε στο ευρωπαϊκό φολκλόρ της εποχής ως σύμβολο του αγώνα των Χριστιανικών δυνάμεων εναντίον των Μουσουλμάνων. Διήρκεσε 21 χρόνια και αποτελεί τη μεγαλύτερη σε διάρκεια πολιορκία της ιστορίας.
Η συνθήκη παράδοσης της πόλης υπογράφτηκε στις 6 Σεπτεμβρίου 1669 από τον Κιοπρουλή Πασά και τον Φραντσέσκο Μοροζίνι. Σύμφωνα με τον Νικόλαο Σταυρινίδη, τα μεσάνυχτα της 26ης Σεπτεμβρίου 1669, οι Ενετοί κατέβασαν τον πελώριο Σταυρό που είχαν στήσει στα 1648, στο πιο ψηλό μέρος του φρουρίου στο Πύργο του Μαρτινέγκο, σε ανάμνηση μιας μεγάλης νίκης τους κατά των Τούρκων. Ο Εβλιγιά Τσελεμπή περιγράφει πως κατά την παράδοση του Χάνδακα παραδόθηκαν στον Κιοπρουλή 83 κλειδιά δημοσίων κτιρίων της πόλης και του φρουρίου μέσα σε ένα ασημένιο πιάτο και ο Κιοπρουλής έριξε 600 δουκάτα μέσα στο καπέλο του Βενετσάνου απεσταλμένου και από 400 για τους δύο συνοδούς του. Στην τελετή παράδοσης της πόλης παραβρέθηκαν εκτός άλλων ο μκρός αδελφός του Κιοπρουλή, Μουσταφάς Μπέης και ο Αντρέας Μπαρότσης, ουσιαστικός συνετελεστής της προδοσίας της πόλης.
