Το Ρέθυμνο είναι πρωτεύουσα του ομώνυμου νομού (περιφερειακής ενότητας) της Κρήτης και έδρα του μητροπολιτικού ομώνυμου Δήμου της περιφέρειας Κρήτης (πρόγραμμα Καλλικράτης). Από το 1999 έως το 2010 σύμφωνα με την τότε διοικητική διαίρεση της Ελλάδας ήταν έδρα του Δήμου Ρεθύμνης.
