Ο Αντώνιος Καπετανάκης γεννήθηκε στο Καμάρι Μαλεβυζίου το 1852 αλλά μεγάλωσε στο Ηράκλειο, όπου και ολοκλήρωσε τις βασικές του σπουδές. Στη συνέχεια φοίτησε στο περίφημο Λύκειο Barth της Σμύρνης, σπούδασε Ιατρική στο Πανεπιστήμιο Αθηνών και μετεκπαιδεύτηκε στο Παρίσι.
Στο Ηράκλειο επέστρεψε το 1880 για να ασκήσει την ιατρική, απολαμβάνοντας τη γενική εκτίμηση για την επαγγελματική του επάρκεια (παρά τα ελάχιστα μέσα που διέθετε η επιστήμη του εκείνη την εποχή), την ευσυνειδησία και τον εξαίρετο χαρακτήρα του. Για πολλά χρόνια εργάστηκε στο Χριστιανικό Νοσοκομείο Ηρακλείου, το γνωστό ως Σπιτάλια ή Ρωμέικα Σπιτάλια (εκεί όπου σήμερα βρίσκεται το 8ο Δημοτικό σχολείο). Όπως αναφέρει ο Dr. Μανώλης Δετοράκης (εφ. Πατρίς, 9/3/1999), στις εφημερίδες της εποχής είχαν δημοσιευτεί πλήθος ευχαριστήρια για την προσφορά του σε ασθενείς, που αναφέρονταν σε εκείνον προσωπικά, ή και σε ομάδες γιατρών με τους οποίους συνεργαζόταν.
Το 1882 αρραβωνιάστηκε και στη συνέχεια παντρεύτηκε τη Βικτωρία, πρωτότοκη κόρη του Λυσιμάχου Καλοκαιρινού. Το 1902, όταν ιδρύθηκε το Πανάνειο, ο Καπετανάκις αποτέλεσε μέλος του Αδελφάτου του Νοσοκομείου. Υπήρξε επίσης δραστήριο μέλος του περίφημου Φιλεκπαιδευτικού Συλλόγου Ηρακλείου. Ενδιαφερόταν για τα κοινά και το εθνικό Ζήτημα της Κρήτης και υπήρξε επανειλημμένα εκλεγμένο μέλος της Γενικής Συνέλευσης των Κρητών.
Πέθανε στο Ηράκλειο στις 5 Μαρτίου του 1909. Με τη διαθήκη του απέδειξε έμπρακτα τα φιλάνθρωπα αισθήματά του, αφήνοντας, όπως προαναφέρθηκε, όλη την κινητή και ακίνητη περιουσία του στη Χριστιανική Κοινότητα της πόλης, προκειμένου να ιδρυθεί φιλανθρωπικό ίδρυμα.
Αρχικά το Ίδρυμα, σύμφωνα με τη διαθήκη του ιδρυτή, προοριζόταν να είναι Πτωχοκομείο ή Ορφανοτροφείο ή άλλο παρεμφερές φιλανθρωπικό Ίδρυμα. Και πράγματι, μέχρι το 1925 αναφερόταν ως Πτωχοκομείο.
Το 1925, 17 χρόνια από το θάνατο του Αντώνη Καπετανάκι, άρχισε η πραγματοποίηση της μεγάλης επιθυμίας του. Μάλιστα, στις 12 Μαρτίου 1925, προκηρύχθηκε εκούσιος πλειστηριασμός κτημάτων της περιουσίας του με στόχο την εξασφάλιση των απαραίτητων κεφαλαίων για την ανέγερση του Ιδρύματος.
Οι προσπάθειες να βρεθεί κατάλληλο οικόπεδο για την ανέγερση του Ιδρύματος κράτησαν πολλά χρόνια. Τελικά επελέγη η Ακ- Ντάμπια, ο «Άγιος Δημήτριος» των Ενετών, προπύργιο του κύριου φρουρίου της πόλης, ανατολικά της τάφρου. Τα 3.000 τετραγωνικά μέτρα στην Ακ-Ντάμπια ανήκαν στο Δημόσιο. Στις 10 Ιουλίου 1908, μετά από ενέργειες του Συμβούλου (Υπουργού) των Οικονομικών της Κρητικής (τότε) Πολιτείας και των βουλευτών Λεβέντη, Πασχαλίδη, Μαυραντώνη, Μαραγκάκη και Φουντουλάκη, με νόμο της Κρητικής Βουλής παραχωρήθηκαν στην χριστιανική κοινότητα του Ηρακλείου για την ανέγερση σχολείων.
