Νέα εκκλησιαστική κρίση δημιουργήθηκε με το Νόμο 5621/1932 της Ελληνικής Δημοκρατίας, που περιόριζε τις Επισκοπές Κρήτης σε 4, μία σε κάθε νομό, με τα ονόματα: Μητρόπολις Ηρακλείου, Επισκοπή Ρεθύμνης, Επισκοπή Χανίων, Επισκοπή Νεαπόλεως. Ο νόμος αυτός, που δημιούργησε οξύτατες προσωπικές αντιθέσεις μεταξύ των αρχιερέων της νήσου, δεν εφαρμόστηκε ποτέ. Καταργήθηκε με τον Αναγκαστικό Νόμο 2125 της 24 Οκτωβρίου 1935 και επανήλθε σε ισχύ ο Νόμος 276 της Κρητικής Πολιτείας, τον οποίο αντικατέστησε αργότερα ο Νόμος 4149/1961 «Περί Καταστατικού Χάρτου της εν Κρήτη Ορθοδόξου Εκκλησίας». Η Επισκοπή Αρκαδίας, της οποίας η έδρα είχε μεταφερθεί ήδη από το 1946 στις Μοίρες Καινουρίου, μετονομάστηκε σε Επισκοπή Γορτύνης.
Ο νέος καταστατικός χάρτης της Εκκλησίας Κρήτης είναι προσαρμοσμένος στις σύγχρονες απαιτήσεις. Καθορίζεται με σαφήνεια η σχέση της Εκκλησίας Κρήτης με το Οικουμενικό Πατριαρχείο. Ρυθμίζονται θέματα λειτουργίας της Επαρχιακής Συνόδου, οργανωτικά, οικονομικά κ.ά.
Το 1962, με την πράξη 812 του Οικουμενικού Πατριαρχείου, όλοι οι Επίσκοποι της Κρήτης έλαβαν τον τίτλο του Μητροπολίτη, ενώ αργότερα, με την πράξη 283 της 28 Φεβρουαρίου 1967 του Οικουμενικού Πατριαρχείου, η Μητρόπολη Κρήτης ανακηρύχθηκε σε Αρχιεπισκοπή και ο Μητροπολίτης σε Αρχιεπίσκοπο Κρήτης.
Σύμφωνα με τον νέο Καταστατικό Χάρτη, η διοίκηση της Εκκλησίας Κρήτης ασκείται από την Επαρχιακή Σύνοδο, η οποία είναι το ανώτατο τοπικό όργανο και ασκεί εποπτεία σε όλους τους τομείς του εκκλησιαστικού Βίου των Μητροπόλεων, αναφέρεται όμως στο Οικουμενικό Πατριαρχείο ως ημιαυτόνομη Εκκλησία.
Όλοι οι ιεράρχες είναι μορφω -μένοι. Οι περισσότεροι κληρικοί είναι απόφοιτοι Εκκλησιαστικών Λυκείων ή Ανωτέρων Εκκλησια-στικών Σχολών ή Θεολογικών Σχολών. Υπάρχει αξιόλογος μοναχικός βίος, μονές ανδρικές και γυναικείες. Ευσεβής λαός, προ-σηλωμένος στη Μητέρα Μεγάλη του Χριστού Εκκλησία.
Εκδίδονται περιοδικά και βιβλία. Λειτουργούν ραδιοφωνικοί σταθμοί. Επιτελείται σοβαρό κοινωνικό έργο. Συγκαλούνται διάφορα συνέδρια. Λειτουργεί επίσης Εκκλησιαστικό Γυμνάσιο και Λύκειο, Ανώτερη Εκκλησια-στική Σχολή και η Ορθόδοξη Ακαδημία Κρήτης.
