Ο άρχικος τρίκλιτος ναός ο αφιερωμένος στον Άγιο Ιωάννη, την Παναγία και την Αγία Τριάδα είναι αποτέλεσμα τριών διαδοχικών επεμβάσεων σ’ ένα μονόχωρο τρουλλαίο ναό της μεσοβυζαντινής περιόδου. Την περίοδο της βενετοκρατίας ο ναός επεκτάθηκε με την προσθήκη του νότιου κλίτους, αφιερωμένου σήμερα στον Άγιο Χαράλαμπο. Τον 19ο αι. τα δύο υφιστάμενα κλίτη επεκτάθηκαν προς τα δυτικά και παράλληλα προσετέθη το βόρειο κλίτος, αφιερωμένο στην Αγία Τριάδα.
Στην δυτική πλευρά του ναού ανοίχθηκαν τρία νέα θυρώματα, ένα για κάθε κλίτος, από τα οποία το κεντρικό διαμορφώθηκε μνημειακά αποτελώντας τη βάση για το δίλοβο, καθ’ ύψος, κωδωνοστάσιο.
Στο εσωτερικό του ο ναός διασώζει τοιχογραφικό διάκοσμο μόνο στην αψίδα του ιερού ο οποίος πιθανόν χρονολογείται στον 14ο αι. Στο τεταρτοσφαίριο εικονίζεται η Δέηση και στον ημικύλινδρο πέντε ιεράρχες με πολυσταύρια φαιλόνια οι οποίοι κρατούν κλειστά ευαγγέλια, καθώς και ο άγιος Ιάκωβος, στο βόρειο άκρο, ο οποίος φαίνεται να συνοδεύει τους ιεράρχες, στραμμένος προς τα δεξιά, φορώντας την στολή του αποστόλου και όχι του ιεράρχη, όπως τον συναντάμε σε ανάλογες παραστάσεις.
