Στο χωριό Μελιδόνι, σε απόσταση 30 περίπου χιλιομέτρων από το Ρέθυμνο, βρίσκεται το ομώνυμο σπήλαιο. Το εσωτερικό του σπηλάιου είναι ιδιαίτερα εντυπωσιακό. Οι σταλακτίτες και οι σταλαγμίτες δημιουργούν πανέμορφα σχέδια που μαγνητίζουν τη ματιά. Το μήκος του σπηλαίου φτάνει τα 250 μέτρα.
Στην αρχαιότητα αποτέλεσε τόπο λατρείας, κάτι που αποδεικνύεται από τα ευρήματα που βρέθηκαν.
Όμως αποτέλεσε και τόπο θυσίας για 340 γυναικόπαιδα το 1824. Οι κάτοικοι του Μελιδονίου αντιστέκονταν επί 2 χρόνια στους Τούρκους. Τελικά κατέφυγαν στο σπήλαιο γι να προφυλαχθούν. Όμως οι Τούρκοι έφραξαν την είσοδο του σπηλαίου και οι κάτοικοι πέθαναν από ασφυξία. Στην μεγάλη αίθουσα του σπηλαίου βρίσκεται ο τάφος των ανθρώπων αυτών
