Η αυθεντική Μινωική γραφή εμφανίστηκε περίπου το 2000 π.χ. και ήταν ιδεογραφική. Μία ιδεογραφική γραφή αποτελείται από ιδεογράμματα τα οποία είναι παραστάσεις αντικειμένων ή εννοιών. Αν και το νόημα τους μπορεί να γίνει κατανοητό από τους ανθρώπους, τα ιδεογράμματα δεν έχουν καθόλου φωνητική σημασία. Η ιδεογραφική Μινωική γραφή ονομαζόταν ιερογλυφικά αλλά δεν έχει καμία σχέση με τα Αιγυπτιακά ιερογλυφικά. Τα Μινωικά ιερογλυφικά ήταν αναπαραστάσεις από τον κόσμο των ζώων, από το ανθρώπινο κορμί και από την καθημερινή ζωή. Ο Έβανς κατέγραψε 135 ιερογλυφικά σύμβολα.
Η ιερογλυφική γραφή των Μινωιτών δεν έχει αποκρυπτογραφηθεί. Η πιο σημαντική ιερογλυφική επιγραφή της Κρήτης είναι ο φημισμένος Δίσκος της Φαιστού, ένας πήλινος δίσκος καλυμμένος και από τις δύο πλευρές με ιερογλυφικά τοποθετημένα σε σπειροειδές σχήμα τα οποία τυπώθηκαν στον πηλό όταν ο δίσκος ήταν ακόμα νωπός. Ο δίσκος περιλαμβάνει σαράντα πέντε διαφορετικούς τύπους συμβόλων, μερικά από τα οποία μπορούν να ταυτιστούν με τα ιερογλυφικά της Παλιοανακτορικής περιόδου.
Μία άλλη γραφή, η Γραμμική Α χρησιμοποιούνταν ταυτόχρονα με την ιερογλυφική της Φαιστού και χρησιμοποιήθηκε εκτενέστερα κατά τη Νεοανακτορική περίοδο.
Τα σύμβολά της πρέπει να προέρχονται από τα ιδεογράμματα αλλά δεν είναι πια αναγνωρίσιμα αντικείμενα αλλά γραμμές ομαδοποιημένες σε αφηρημένους συσχετισμούς. Η Γραμμική Α περιλαμβάνει περίπου εβδομήντα διαφορετικούς χαρακτήρες και δεν έχει ακόμα αποκρυπτογραφηθεί. Ένα αποκρυπτογραφημένο μέρος της γραφής περιλαμβάνει ένα δεκαδικό αριθμητικό σύστημα με κλάσματα. Μια γραφή που παρουσιάστηκε στη Κύπρο ανάμεσα στα 1500 π.χ. και 1100 π.χ., η ονομαζόμενη Κυπρομινωική έχει όλους της τους χαρακτήρες απαράλλακτους μ' αυτούς της Γραμμικής Α. Επιγραφές σε Γραμμική Α έχουν βρεθεί επίσης στη Μήλο και στη Θήρα. Πλάκες με επιγραφές σε Γραμμική Α εκτίθενται στο Μουσείο Ηρακλείου και σε άλλα αρχαιολογικά μουσεία της Κρήτης.
Μετά το 1450 π.χ. μία νέα γραφή που ονομάστηκε Γραμμική Β εμφανίστηκε στην Κνωσό. Τα σύμβολα της γραφής έχουν πολλές ομοιότητες και κοινά στοιχεία με τη Γραμμική Α. Η γραφή αποκρυπτογραφήθηκε το 1952 από τους Ventris και Chadwick και φαίνεται να είναι η Ελληνική γλώσσα, κάτι που θεωρήθηκε ως απόδειξη για το ότι οι Μυκηναίοι βρίσκονταν στην Κρήτη κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου. Αν η αποκρυπτογράφηση είναι σωστή, τότε η Γραμμική Α ήταν η κύρια Μινωική γραφή μέχρι που η Γραμμική Β εισήχθηκε στην Κνωσό από τους Μυκηναίους. Οι πλάκες που βρέθηκαν στην Κνωσό παρέχουν πληροφορίες για την οργάνωση του βασιλείου, όπως για τις ιδιοκτησίες του βασιλιά, για τις προσφορές στις θεότητες και για τις μετακινήσεις των στρατευμάτων. Αυτές οι πλάκες διατηρούνται ως σήμερα εξαιτίας του ότι η φωτιά στην Κνωσό έψησε τον πηλό τους ο οποίος σε άλλη περίπτωση θα είχε εξαφανιστεί. Μερικές πλάκες σε Γραμμική Β εκτίθενται στο Μουσείο του Ηρακλείου.
