Το μοναστήρι του Αγίου Φραγκίσκου χτίστηκε στις αρχές της εγκατάστασης των Βενετών στην Κρήτη. Βρισκόταν στη θέση που είναι σήμερα το Αρχαιολογικό Μουσείο. Ήταν το πιο πλούσιο και μεγαλοπρεπές μοναστήρι της πόλης. Ξεπερνούσε σε ύψος όλα τα κτίρια γύρω του και ξεχώριζε από μακριά. Μέσα στο ναό υπήρχαν λείψανα του Τιμίου Σταυρού, η κάρα του Αγίου Στεφάνου ,ο βραχίονας του Αγίου Συμεών και λείψανα από το χιτώνα του Αγίου Φραγκίσκου. Η μονή καταστράφηκε από σεισμό το 1508 αλλά ξαναχτίστηκε με ακόμη πιο επιβλητική μορφή και πιο στέρεη κατασκευή αφού κατάφερε να αντέξει στον ισχυρό σεισμό του 1595.
Ο ναός ήταν ιδιαίτερα σημαντικός για τους κατοίκους του Χάνδακα και στη γιορτή του έτρεχε πλήθος προσκυνητών, τάσσοντας τα άρρωστα παιδιά τους στον Άγιο και ντύνοντάς τα για το λόγο αυτό με τη στολή του τάγματος των Φραγκισκανών. Τον Άγιο τιμούσαν και οι ορθόδοξοι, οι οποίοι έδιναν στο παιδιά τους το όνομα Φραγκίσκος και Φραγκιός από όπου και το συνηθισμένο επίθετο Φραγκιαδάκης και Φραγκιαδουλάκης.
Η πύλη του μοναστηριού αποτελεί σήμερα τμήμα της βόρειας εισόδου του Δικαστικού Μεγάρου στην οδό Δικαιοσύνης. Κατά τις ανασκαφικές εργασίες για την επέκταση του Αρχαιολογικού Μουσείου και εντός του περιβόλου του, αποκαλύφθηκαν αρχιτεκτονικά τμήματα που ανήκουν σε κτίρια της μονής καθώς και οι ταφικές κρύπτες.
