Το ενετικό λιμάνι του Ηρακλείου βρίσκεται στο τέλος της οδού 25ης Αυγούστου, του πεζόδρομου που ξεκινά από το κέντρο (Μεϊντάνι, Λιοντάρια) και καταλήγει στο φρούριο Κούλες. Πρόκειται για το παλιό λιμάνι του Ηρακλείου, που σήμερα φιλοξενεί καΐκια και κότερα, και η ιστορία του είναι τόσο παλιά όσο και της πόλης του Ηρακλείου.
Η πρώτη σοβαρή προσπάθεια δημιουργίας οργανωμένου λιμανιού στον όρμο του Χάνδακα έγινε στην περίοδο της Αραβοκρατίας (9ος-10ος). Από τη μία η νευραλγική θέση του σε σχέση με τις θαλάσσιες οδούς της Ανατολικής Μεσογείου διευκόλυνε τις πειρατικές επιχειρήσεις των Αράβων πειρατών, και από την άλλη η ύπαρξη λιμανιού εξυπηρετούσε στην αξιοποίηση των πλουτοπαραγωγικών πηγών της Κρήτης για τις εμπορικές συναλλαγές τους με ισλαμικές χώρες.
Με την ανάκτηση της Κρήτης στα εδάφη της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας το 961 μ.Χ. ο Χάνδακας σταδιακά εξελίσσεται σε ακμαία πόλη με αστική οργάνωση και συνεπώς οχυρώνεται και οργανώνει καλύτερα το λιμάνι της.
Όταν το νησί ήρθε στα χέρια των Ενετών (1204), η Κάντια (όπως ονόμαζαν οι Ενετοί το Ηράκλειο, αλλά και την Κρήτη ολόκληρη) γίνεται η «άλλη Βενετία της Ανατολής» και το λιμάνι της είναι το μοναδικό στην ελληνική επικράτεια με εξαγωγικό εμπόριο σε τόσο μεγάλη κλίμακα. Κυρίως τους δύο τελευταίους αιώνες της ενετικής κυριαρχίας ήταν το σημαντικότερο λιμάνι της Ανατολικής Μεσογείου. Εξαγώγιμα προϊόντα ήταν κυρίως το κρασί, το μέλι, το τυρί, το κερί, το μετάξι, οι σταφίδες, το μπαμπάκι, το λάδι και το αλάτι, που αποτελούσε ενετικό μονοπώλιο.
Από την αρχή το λιμάνι του Ηρακλείου παρουσίαζε την ανάγκη συνεχών εκβαθύνσεων λόγω απόθεσης άμμου, τις οποίες πραγματοποιούσαν οι ενετοί με διάφορες τεχνικές της εποχής. Τον 17ο μ.Χ. αιώνα το λιμάνι πήρε την τελική του μορφή ικανό να ελλιμενίσει 50 γαλέρες (Φραγκίσκος Βασιλικάτα 1625)
Την περίοδο της τουρκοκρατίας (17ος-19ος) το λιμάνι ελάχιστα διαφοροποιείται από την προηγούμενη περίοδο.Δυστυχώς, οι πιο καταστροφικές επεμβάσεις στο χώρο του λιμανιού έγιναν τον 20ο μ.Χ. αιώνα, επεμβάσεις τις οποίες επέβαλαν οι ανάγκες της νέας εποχής, ώστε να αναβαθμιστεί το Ηράκλειο σε πόλη ευρωπαϊκών προδιαγραφών. Σε μία εποχή που η έννοια «μνημείο» δεν είχε ιδιαίτερη αξία, η εισχώρηση του αυτοκινήτου στην καθημερινότητα της πόλης οδήγησε στη διάνοιξη της παραλιακής οδού με το γκρέμισμα σημαντικού μέρους των ενετικών λιμενικών εγκαταστάσεων (μικρός Κούλες, βυζαντινή πύλη). Η ύπαρξη του παραλιακού δρόμου εκπληρώνει σημαντικές ανάγκες των πολιτών, αλλά δυστυχώς για άλλη μια φορά η αισθητική και η ιστορία της πόλης θυσιάστηκαν για χάρη της ανάπτυξης και της λειτουργικότητας.
