Η εισβολή ξεκίνησε το 1645 μ.Χ. με την επίθεση στα Χανιά. Εξήντα χιλιάδες (60.000) Τούρκοι στρατιώτες αποβιβάστηκαν σε περιοχή κοντά στα Χανιά και πολύ σύντομα η όμορφη πόλη πέφτει στα χέρια τους. Οι Τούρκοι προχωρούν ανατολικά στον επόμενό τους στόχο το Ρέθυμνο, το οποίο πέφτει ένα χρόνο αργότερα. Μέχρι το 1648 μ.Χ. όλο το νησί βρίσκεται υπό τουρκική κατοχή, εκτός από το Χάνδακα ο οποίος φαίνεται απόρθητος με το άριστο αμυντικό σύστημα των τειχών και του Κούλε.
Παρ’ όλα αυτά, οι πολιορκημένοι Ενετοί και Κρήτες βρίσκονται σε δεινή θέση. Η χριστιανική Ευρώπη τους βοηθά και οΕνετικός στόλος καταφέρνει να κρατάει ανοιχτό το λιμάνι έτσι ώστε η πόλη να δέχεται εφόδια.
Οι βομβαρδισμοί όμως δε σταματούν μέρα νύχτα, ενώ το υδραγωγείο που μεταφέρει νερό από την Αγία Ειρήνη – λίγο νοτιότερα της Κνωσού – καταστρέφεται. Οι ενισχύσεις όμως και τα εφόδια όμως που έρχονται από το λιμάνι κρατούν ζωντανούς τους υπερασπιστές του Κάστρου, οι οποίοι αντεπιτίθενται ξαφνικά και προκαλούν μεγάλες καταστροφές στον εχθρό. Ο Σουλτάνος χάνει την υπομονή του ύστερα από 18 χρόνια πολιορκίας, ανακαλεί τον αρχιστράτηγό του στη Κρήτη, τον αποκεφαλίζει και στη θέση του διορίζει τον ικανότατο μεγάλο Βεζύρη Αχμέτ Κιοπρουλή. Τον προμηθεύει με άφθονα υλικά μέσα και με αυστηρές διαταγές για τη κατάληψη του μεγάλου Κάστρου.
Οι χριστιανοί, ορθόδοξοι και καθολικοί, αντιστέκονται ενωμένοι κατά της μουσουλμανικής απειλής. Ότι όμως δε καταφέρνουν τα όπλα και ο στρατός, το καταφέρνει το χρήμα. Ο Αχμέτ Κιοπρουλής μοιράζει 700.000 χρυσά νομίσματα και παρασύρει πολλούς χριστιανούς με το μέρος του. Ανάμεσά τους κι ο συνταγματάρχης Ανδρέας Μπαρότσης, ο οποίος γνωρίζει με κάθε λεπτομέρεια όλα τα σημεία των οχυρώσεων του Χάνδακα. Με τις πληροφορίες του μεταφέρει το στρατηγικό πλεονέκτημα στους Τούρκους κι έτσι το Μεγάλο Κάστρο (Ηράκλειο) του οποίου η πολιορκία κράτησε είκοσι ένα (21) χρόνια, πέφτει.
Της άλωσης της πόλης, ακολούθησαν εκτεταμένες υλικές καταστροφές. Εκκλησίες, μονές και ολόκληρα χωριά ισοπεδώθηκαν, ενώ οι δρόμοι και οι οχυρώσεις του νησιού εγκαταλείφθηκαν σταδιακά. Η Κρήτη απέμεινε ουσιαστικά ένας σωρός από ερείπια και μια νέα, χειρότερη περίοδος δουλείας ξεκίνησε για το νησί.
Πολλοί από τους κατοίκους του νησιού το εγκατέλειψαν για να γλιτώσουν από την καταδίωξη των Οθωμανών, ενώ χιλιάδες άλλοι φυλακίστηκαν, πουλήθηκαν ως σκλάβοι ή βρήκαν καταφύγιο στις δύσβατες, ορεινές περιοχές του νησιού. Ηκαταπίεση και η οικονομική εξόντωση του χριστιανικού πληθυσμού – μέσω των τεράστιων φόρων που επιβλήθηκαν – οδήγησαν πολλούς από αυτούς στο να αρνηθούν τη πίστη τους και να γίνουν μουσουλμάνοι, οι γνωστοί Τουρκοκρήτες, οι οποίοι πολλές φορές ξεπερνούσαν και τους ίδιους τους Τούρκους σε φανατισμό και αγριότητα. Σαν να μην έφταναν όλα αυτά στη Κρήτη μετά τη Τουρκική κατάκτηση άρχισε να καταφτάνει μεγάλος αριθμός από Οθωμανούς εποίκους, οι οποίοι με τη σειρά τους συνεισέφεραν στη παρακμή και το περιορισμό του Χριστιανικού πληθυσμού.
Η τουρκοκρατία επέφερε μεγάλη πτώχευση στο νησί ολόκληρο, η οποία οφείλονταν κυρίως στην έλλειψη εμπορικών συναλλαγών. Τα δημητριακά που ως επί το πλείστον παρήγαγε την εποχή εκείνη το νησί ελέγχονταν αποκλειστικά από τους Τούρκους οι οποίοι τα χρησιμοποιούσαν αποκλειστικά για τη σίτιση των στρατευμάτων τους. Η κτηνοτροφία περιορίζεται σημαντικά και επιβιώνει μόνο σε ορεινές και απρόσιτες περιοχές προς αποφυγή των αυθαίρετων τουρκικών επιτάξεων.
Οι Τούρκοι, σύμφωνα με τη πάγια τακτική τους, κατάργησαν οποιοδήποτε προνόμιο και οποιαδήποτε κοινωνική οργάνωση και εξουσία υπήρχε στη περιοχή. Ο υπόδουλος πληθυσμός αντέδρασε και συσπειρώθηκε γύρω από τουςοικογενειακούς του δεσμούς. Πυρήνας αυτής της μορφής κοινωνικής οργάνωσης υπήρξε το ζεύγος και γύρω του οι οικογενειακές ομάδες των θείων και των ξαδέλφων. Κάθε γένος είχε το δικό του συνοικισμό σε κάθε οικισμό και έτσι δημιουργήθηκε μια ιδιαίτερα συμπαγής κοινωνική οργάνωση.
Η Κρήτη αποτέλεσε χωριστό διαμέρισμα (βιλαέτι) της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας με έδρα του πασά το Χάνδακα (Μεγάλο Κάστρο). Η εκκλησία της, που οι Ενετοί είχαν εντάξει στις τάξεις της Παπικής εκκλησίας, επανήλθε στο Οικουμενικό Πατριαρχείο της Κωνσταντινούπολης, με έδρα του Μητροπολίτη το Ηράκλειο και με την επανίδρυση των παλιών επισκοπών. Οι Τούρκοι ασκούσαν την εξουσία τοποθετώντας, στα πιο εύπορα χωριά της κάθε περιοχής, τους Αγάδες, οι οποίοι τις πιο πολλές φορές ήταν ξακουστοί βετεράνοι των στρατευμάτων τους, άρχοντες σκληροί και πολλές φορές αδίστακτοι στην άσκηση της εξουσίας. Ακολουθώντας τα ενετικά πρότυπα οι Τούρκοι όριζαν επίσης έναν Κρητικό τοποτηρητή σε κάθε Επαρχία. Ήταν ο εξουσιοδοτημένος εκπρόσωπος του τοπικού πληθυσμού και ήταν αυτός που ερχόταν σε άμεση επαφή με τους Αγάδες για τη ρύθμιση των διάφορων υποθέσεων.
Αυτές οι συνθήκες δουλείας είχαν σαν αποτέλεσμα τη συνεχή αντίσταση ενάντια στη τουρκική διακυβέρνηση. Πολλοί νέοι των οποίων οι οικογένειες είχαν υποστεί αδικίες και ατιμώσεις για να γλιτώσουν αλλά και για να εκδικηθούν και να ζήσουν ελεύθεροι ανέβηκαν στα βουνά της Κρήτης και έγιναν αντάρτες. Με ξαφνικές επιδρομές κατά των Τούρκων έπαιρναν εκδίκηση κι έδιναν δύναμη και ελπίδα στο καταπιεζόμενο χριστιανικό πληθυσμό. Οι νέοι αυτοί, γνωστοί ως «Χαϊνιδες», έγιναν ο φόβος και ο τρόμος των Τούρκων, οι οποίοι όταν κατάφερναν να συλλάβουν κάποιον από αυτούς τον εκτελούσαν αφού πρώτα τον βασάνιζαν φρικτά.
Της επανάστασης ακολούθησαν μεγάλης έκτασης πράξεις και επιχειρήσεις αντεκδίκησης από τους Οθωμανούς κατά του χριστιανικού πληθυσμού στο νησί. Η Κρήτη έλαβε ενεργά και με ενθουσιασμό μέρος στην ελληνική επανάσταση του 1821. Η γεωγραφική της θέση όμως δε τη βοήθησε, αφού αποκομμένη από την υπόλοιπη Ελλάδα βρέθηκε τελικά υπό το έλεος του Πασά της Αιγύπτου, από τον οποίο οι Τούρκοι ζήτησαν βοήθεια για να καταπνίξουν την επανάσταση στο νησί. Ο Πασάς της Αιγύπτου έδωσε τέλος σε αυτήν με βάρβαρο και αποφασιστικό τρόπο και το νησί δεν έγινε μέρος της ελληνικής πολιτείας που ιδρύθηκε το 1832 αλλά αντίθετα πέρασε στα χέρια των Αιγυπτίων, σαν ανταμοιβή της βοήθειας που προσέφεραν στην παραπαίουσα Οθωμανική Αυτοκρατορία.
Παρ’ όλα αυτά οι προσπάθειες για ανεξαρτησία συνεχίστηκαν με ακόμα μεγαλύτερη ένταση και αποφασιστικότητα και το1866 ξεσπά στο νησί η «Μεγάλη Κρητική Επανάσταση» η οποία ξεκινά με σημαντικές νίκες για τους επαναστάτες. Οι Οθωμανοί έστειλαν στο νησί μεγάλο αριθμό από ενισχύσεις για να την καταστείλουν και ξεκίνησε μια σειρά από βάρβαρες πράξεις εκφοβισμού και αντεκδίκησης σε όλο το νησί κατά του άμαχου χριστιανικού πληθυσμού.
Το Ολοκαύτωμα της Μονής του Αρκαδίου το 1866 είναι το σύμβολο της πάλης της Κρήτης για ελευθερία και ανεξαρτησία. Στη Μονή αυτή είχαν βρει καταφύγιο εκατοντάδες γυναικόπαιδα και μεγάλος αριθμός από επαναστάτες, οι οποίοι αρνούνταν την υποταγή και παράδοση στους Οθωμανούς. Οι επαναστάτες μαζί με τους γέρους, τα γυναικόπαιδα και 1.500 Οθωμανούς στρατιώτες θάφτηκαν κάτω από τα ερείπια της Μονής, την οποία ανατίναξαν οι πολιορκημένοι, για να μη πέσουν ζωντανοί στα χέρια των εχθρών.
Ολόκληρο το νησί βρισκόταν σε συνεχή επαναστατικό πυρετό και τελικά το 1898, ύστερα από μεγάλες προσπάθειες και πιέσεις, οι μεγάλες δυνάμεις της εποχής (Βρετανία, Γαλλία, Ιταλία και Ρωσία) αποφάσισαν το τερματισμό του ελέγχου και της κατοχής της Κρήτης από τους Οθωμανούς.
