Ονομαστό μοναστήρι που βρίσκεται σε μια περιοχή εξαιρετικής ομορφιάς, με πελώρια δέντρα και αγρία βλάστηση, με ωραία θέα και πολλές μνήμες από παλαιότερες εποχές. Η απόσταση του από το Ηράκλειο είναι 20 χιλιόμετρα, αλλά μετά το χωριό Ρογδια ο δρόμος που οδηγεί ως εκεί είναι αγροτικός. Είναι ένα από τα πολλά μοναστήρια που λειτουργούσαν το 17 αιώνα γύρω από την πρωτεύουσα της Βενετοκρατούμενης Κρήτης, το Χάνδακα (σημερινό Ηράκλειο ). Επί ενετοκρατίας ονομαζόταν ‘‘Μονή του κυρ Σαββατίου’’ και έτσι αναφέρεται σε έγγραφα της εποχής.
Για την παλιότερη ιστορία της Μονής δεν υπάρχουν αρκετά στοιχεία. Η παράδοση μιλά για πειρατικές επιδρομές , λόγω των οποίων οι μονάχοι από τα παραθαλάσσια μοναστήρια αποφάσισαν να εγκατασταθούν σε πιο ασφαλή περιοχή και ίδρυσαν τη Μονή Σαββαθιανών.
Επί Ενετοκρατίας ήταν ονομαστό μοναστήρι. Και φαίνεται να κυριαρχούσε ανάμεσα σε πολλά μικρότερα μοναστικά κέντρα της ευρύτερης περιοχής. Πολλά απ΄ αυτά βρίσκονταν στην παράλια με πιο χαρακτηριστικό το παράδειγμα της Μονής Αγίας Πελαγίας που βρισκόταν στον ομώνυμο σημερινό παραλιακό οικισμό. Η Αγια Πελαγία παρέμεινε για πολλούς αιώνες φημισμένο προσκύνημα και κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας γινόταν εκεί ένα από τα μεγαλύτερα πανηγύρια της Κρήτης. Ως Κέντρο της ορθόδοξης λατρείας και κοιτίδα της μοναστικής παράδοσης στην περιοχή θα πρέπει να θεωρείται ο σπηλαιώδης Ναός του Άγιου Αντωνίου που βρίσκεται πολύ κοντά στο μοναστήρι.
Πιθανότατα να λειτουργούσαν στον ίδιο χώρο όχι ένα αλλά δυο μοναστήρια, το ένα με καθολικό το Ναό του Άγιου Αντωνίου και το άλλο με καθολικό το Ναό της Θεοτόκου. Ο Ναός της Θεοτόκου είναι καθολικό και του σημερινού μοναστηριού. Ένα σύντομο μονοπάτι μήκους διακοσίων περίπου μέτρων χωρίζει τους δυο Ναούς. Παρεμβάλλεται ένας μικρός χείμαρρος, στις όχθες του οποίου υπάρχουν καρυδιές και αλλά δέντρα. Για να γίνει ευκολότερη η διάβαση και η επικοινωνία ανάμεσα στα δυο λατρευτικά κέντρα οι παλιοί μονάχοι κατασκεύασαν μια πέτρινη γέφυρα η οποία διασώζεται ακόμη μαζί με μια επιγραφή που αναφέρει τη χρονολογία 1596.
Ανάμεσα στους Ηγούμενους της Μονής Σαββαθιανων ήταν και ο ονομαστός λόγιος της Ενετοκρατίας Μάξιμος Μαρνούνιος. Την εποχή εκείνη το μοναστήρι βρισκόταν σε ακμή, αλλά η τουρκική κατάκτηση (που ολοκληρώθηκε το1669) δημιούργησε ποικίλα προβλήματα. Η Μονή καταστράφηκε και ερημώθηκε, όπως ερημώθηκαν και όλα τα κοντινά μοναστήρια στα 22 χρόνια της πιο σκληρής πολιορκίας της ανθρώπινης ιστορίας, της πολιορκίας του σημερινού Ηρακλείου (1647-1669).Οι καλόγεροι των Σαββαθιανων πολέμησαν τον εισβολέα και συνελήφθησαν αιχμάλωτη για να αποσταλούν στην Αμερική ως δούλοι. Χρειάστηκε να περάσουν πολλά χρόνια για να απελευθερωθούν ύστερα από ενέργειες του Οικουμενικού Πατριαρχείου. Επέστρεψαν στο μοναστήρι τους αλλά το βρήκαν έρημο και η παρουσία του είχε διαρπαγεί από τους κατακτητές, όπως συνηθιζόταν. Κατέφυγαν στην τούρκικη δικαιοσύνη αλλά δεν δικαιώθηκαν. Ανοικοδόμησαν τα ερείπια και περιήλθαν στην κατοχή τους τα ερείπια των κοντινών μικρών μοναστηριών. Ο σημερινός επισκέπτης μπορεί να δει ερείπια τέτοιων μοναστηριών μέσα στο γραφικό φαράγγι του Αλμυρού, που βρίσκεται κοντά στην πηγή του Αλμυρού , πριν ξεκινήσει να ανηφορίζει για τη Ρογδια και τη Μονή Σαββαθιανων.
Η τραγική αυτή συγκυρία συντέλεσε στο να αντιμετωπίσει η Μονή για πολλούς αιώνες την έλλειψη χρημάτων και περιουσιακών στοιχείων. Αυτό, όμως, δεν πτόησε τους μοναχούς. Με σκληρή προσπάθεια κατάφεραν να ανασυγκροτήσουν το παλιό ιστορικό μοναστήρι. Τα οικονομικά προβλήματα συνεχίστηκαν και καθ’ όλη την περίοδο της Τουρκοκρατίας. Στις επαναστάσεις του 1821 και του 1866 πήραν μέρος και οι μοναχοί των Σαββαθιανών. Ένας από τους πιο γενναίους ανταγωνιστές του 1866, μάλιστα ήταν διάκος στη Μονή, ο Ευμένιος Βουρεξάκης που σκοτώθηκε στη μάχη του Αλμυρού. Ο τάφος του βρίσκεται δίπλα στο Ναό της Θεοτόκου στα Σαββαθιανά μαζί με τον τάφο ενός άλλου σπουδαίου αγωνιστή, του Ηρακλή Κοκκινίδη.
Στη Μονή Σαββαθιανών ζωγραφίστηκε πριν από το 1770 μια εικόνα μεγάλης καλλιτεχνικής αξίας. Η εικόνα ‘‘Μέγας ει Κύριε’’ που πανομοιότυπο της υπάρχει στη Μονή Τοπλού. Είναι έργα του ίδιου του ζωγράφου. Του Ιωάννη Κορνάρου. Μέχρι πριν από λίγα χρόνια ήταν γνωστή μόνο η εικόνα του Τοπλού. Για την εικόνα των Σαββαθιανων υπήρχε η πληροφορία από παλιό χειρόγραφο, αλλά όλοι πίστευαν ότι έχει χαθεί. Το 1991 οι καλογριές παρέδωσαν στην αρχαιολογική υπηρεσία μιαν εικόνα κατάμαυρη και ξεφτισμένη από το χρόνο. Ο προσεκτικός καθαρισμός της αποκάλυψε τμήματα της πολυπρόσωπης ωραίας εικόνας του Ιωάννη Κορνάρου!
Μετά το 19 αιώνα ο αριθμός των μονάχων άρχισε να μειώνεται και μετά το 1945 εγκαταστάθηκαν εκεί καλογριές από γυναικεία Μονή της Πελοποννήσου. Οι καλογριές αντικατέστησαν τους γέροντες μοναχούς. Σήμερα η Μονή είναι Κοινοβιακή και έχει 25 μονάχες. Θαυμάσια έργα τους είναι τα ωραία ιερατικά άμφια, τα οποία κατασκευάζουν στους κρητικούς αργαλειούς όπως επίσης και αλλά κρητικά κεντήματα.
