Ο Ναός του Αγίου Νικολάου βρίσκεται, στο μικρό όρμο όπου προσάραζαν τα πλοία κατά την βυζαντινή και ενετική περίοδο. Πρόκειται για έναν πανάρχαιο Ναό με τρούλο, έναν από τους ελάχιστους της Πρωτοβυζαντινής Περιόδου που σώζονται στην Κρήτη, με εντυπωσιακή αψίδα στο ιερό. Χτίστηκε πριν την αραβική κτήση γι’ αυτό και οι αρχικές τοιχογραφίες του 8ου-9ου αιώνα,δηλαδή της Περιόδου της Εικονομαχίας, είναι «ανεικονικές». Το 14ο αι. ανακαινίστηκε και μεγάλο μέρος των τοιχογραφιών καλύφθηκαν με νέες.
Ο Ναός έχει μεγάλη αξία ως ένα από τα λίγα δείγματα πρωτοβυζαντινής αρχιτεκτονικής στην Κρήτη, αφού δεν έχει υποστεί σημαντικές μεταβολές από την αρχική του μορφή και είναι αυτός που έδωσε το όνομα του στην πόλη του Αγίου Νικολάου.
