Μετά την αναχώρηση του Γεροντογιάννη η Μονή πάλι έμεινε εγκαταλελειμμένη. Όπως προαναφέρθηκε στην αυλή της είχε ανεγερθεί σχολείο το 1858 από τους κατοίκους της Επαρχίας, αλλά ως συνέπεια της διαφωνίας των ιδρυτών, αυτό έμεινε ημιτελές.
Το 1870 οι κάτοικοι των χωριών γύρω από τη Μονή συνεννοήθηκαν και συμπλήρωσαν την οικοδομή, στην οποία τοποθέτησαν στέγη και κατασκεύασαν ο,τι άλλο απαιτούνταν για τη λειτουργία του σχολείου. Μετά κάλεσαν ως διευθυντή του σχολείου τον Γεώργιο Λόγιο, ο οποίος είχε την καταγωγή του από το χωριό Γούβες της Πεδιάδος, απόφοιτο της Ριζαρείου Σχολής και αδελφό του περίφημου πατριώτου Λεωνίδου Λογίου, αρχιγραμματέως της επαναστατικής Γενικής Συνελεύσεως των Κρητών κατά την επανάσταση του 1866. Ο Γεώργιος Λόγιος διηύθυνε το σχολείο για μια διετία, κατά την οποία φοίτησαν σ΄ αυτό πολυάριθμοι μαθητές, μικροί και άνδρες, μάλιστα από όλη την επαρχία. Οι μαθητές που προέρχονταν από απομακρυσμένα χωριά διέμεναν στα κελλιά που έμειναν εγκαταλελειμμένα μετά την αναχώρηση του Γεροντογιάννη.
Μετά από μία διετία ο Λόγιος κλήθηκε να αναλάβει τη διεύθυνση του Ελληνικού Σχολείου που συστάθηκε στην κωμόπολη της Σητείας και τον διαδέχθηκε στο σχολείο της Αγίας Σοφίας ο μαθητής του Ιωάννης Αβρονιδάκης από τον Χανδρά.
Όμως το σχολείο γινόταν συνεχώς πιο μικρό και παράκμασε λόγω της περιορισμένης ικανότητας του δασκάλου, αλλά και γιατί ιδρυόταν άλλα σχολεία στα διάφορα χωριά από τα οποία προέρχονταν οι μαθητές του. Τελικά, έκλεισε και αυτό το σχολείο, και η Μονή έμεινε πάλι εγκαταλελειμμένη.
Η Κοινότητα Αρμένων, η οποία λόγω της γειτνιάσεώς της με τη Μονή ενδιαφερόταν για την κατάστασή της, ενέργησε προς τον Επίσκοπο Ιεροσητείας Αμβρόσιο Σφακιανάκη και διορίσθηκε άτυπα Ηγούμενος ο Ιερομοναχος Γεννάδιος, ο οποίος διέμενε στον Καψά και καταγόταν από το χωριό Χριστός της (τότε) επαρχίας Βιάννου. Αυτός έδειξε άριστη διαγωγή, διαχειρίσθηκε τα οικονομικά της Μονής με εντιμότητα, εργατικός και δραστήριος ανοικοδόμησε κτήρια και επισκεύασε άλλα ετοιμόρροπα. Επί της εποχής του ανακαινίσθηκε και η πόρτα της αυλής, η οποία είχε καταρρεύσει και οι πέτρες ήταν διεσπαρμένες από δω και από εκεί, τις οποίες μάζεψε και τοποθέτησε στις θέσεις τους. Με τη φροντίδα λοιπόν αυτού περισώθηκε και η πέτρα πάνω στην οποία ήταν χαραγμένο το έτος 1634, που αναφέραμε παραπάνω. Επειδή όμως δεν κατανοούσε τη σημασία της παραπάνω χρονολογίας την έβγαλε με ασβεστοκονία (δηλ. από σβησμένο ασβέστη αναμεμειγμένο με άμμο και νερό), όπως και όλη την πόρτα. Μάλιστα χάραξε πάνω σε άλλη πλάκα το ίδιο όνομα με το έτος 1885. Όταν τυχαία πήγα στη Μονή, παρατήρησα την αλλαγή πάνω στη πόρτα. Στον Ιερομόναχο έκανα την παρατήρηση ότι η επάλειψη της αρχαίας χρονολογίας και το δικό του επίγραμμα διαστρεβλώνουν την ιστορία της Μονής και του συνέστησα να αποξύσει τον ασβέστη για να φαίνεται η παλιά χρονολογία και να διορθώσει την επιγραφή του με τέτοιο τρόπο ώστε να παρουσιάζεται και η δική του εργασία αλλά και η αρχαιότητα της Μονής.
Ο καλός αυτός κληρικός συμμορφώθηκε προς τη σύστασή μας και έκανε τη διόρθωση. Όταν πλέον γέρασε και νοστάλγησε τους δικούς του, έφυγε από τη Μονή λίγο πριν από την επανάσταση του 1897. Τότε κλήθηκε ο Ιερομόναχος Ιωαννίκος Τσαρδινάκης, ο οποίος διέμενε στη Μονή Καψά και ανήκε στην αδελφότητα της Μονής Τοπλού, υπό την εξάρτηση της οποίας υπαγόταν ο Καψάς. Στην εποχή του και συγκεκριμένα τον Ιανουάριο του 1897 συντελέσθηκε στη Μονή αυτή τραγικό δράμα, για το οποίο αναφερόμαστε σε άλλο σημείο.
Μετά την ανάκληση του π. Ιωαννικίου από τη Μονή του η Μοναστηριακή Επιτροπή Λασιθίου ανέλαβε τη διαχείριση της Μονής, την οποία ενοικίασε σε διάφορα πρόσωπα. Πριν από λίγα χρόνια η Κοινότητα Αρμένων κατόρθωσε να πείσει τη Μοναστηριακή Επιτροπή, να παραχωρήσει σε αυτή τη Μονή, της οποίας τα έσοδα να διαθέτει για τη συντήρηση της εκκλησίας αυτής και για τις ανάγκες της Κοινότητας.
Έτσι η Μονή Αγίας Σοφίας, αφού υπέστη πολλές περιπέτειες δια μέσου των αιώνων, στο τέλος διαλύθηκε.
http://www.imis.gr/
