Βρίσκεται στην βορειοανατολική Κρήτη στην είσοδο του κόλπου της Ελούντας στην περιοχή του Μεραμπέλου του νομού Λασιθίου. Το παλαιότερο όνομα του νησιού ήταν Καλιδών και χρησιμοποιήθικε σαν φρούριο των Ολουνιτών. Το όνομα Σπιναλόγκα το πήρε απο τους Ενετούς και σημαίνει Μακρύ Αγκάθι.
Η απόφαση για την ίδρυση του λεπροκομείου, με το όνομα «Άγιος Παντελεήμων», υπογράφηκε στις 30 Μαΐου του 1903 και σε πρώτη φάση μεταφέρθηκαν στις 14 Δεκεμβρίου 1904 στην Σπιναλόγκα περίπου 250 ασθενείς από όλη την Κρήτη.
Το νότιο τμήμα του ναού του Αγ. Παντελεήμονα, με τοιχοποιίες από μεγαλύτερους και κατεργασμένους λίθους, σχηματίζει αρμό με το κεντρικό και είναι εμφανώς νεότερο. Τα δύο τοξωτά ανοίγματα επικοινωνίας με το κεντρικό κλίτος είναι προφανές ότι διανοίχτηκαν εκ των υστέρων, γι’ αυτό τα εσωράχια τους φέρουν επένδυση από μικρού πάχους λαξευμένους θολίτες, ενώ στα αντίστοιχα βόρεια τόξα υπάρχει στρώμα παλαιάς κεραμοκονίας. Η εντοιχισμένη στη δυτική όψη του κλίτους αναμνηστική επιγραφή αναφέρει «ΩΚΟΔΟΜΗΘΗ ΕΝ ΕΤΕΙ ΣΩΤΗΡΙΩ. 2 ΟΚΤΩΒΡΙΟΥ 1900», δηλαδή κατά τη διάρκεια της γαλλικής προστασίας.
ΟΥΤΟς Ο ΝΑΟΣ ΤΟΥ ΑΓΙΟΥ/ΜΕΓΑΛΟΜΑΡΤΥΡΟΣ ΠΑΝ/ΤΕΛΕΗΜΟΝΟΣ ΟΙΚΟΔΟΜΗ/ΘΗ ΥΠΟ ΕΞΟΔΟΣ ΙΑΚΩΒΟΥ/ ΤΖΥΡΙΤΑ ΕΙΣ ΒΟΗΟΙΑΝ (sic) ΤΟΥ/ ΟΙΚΟΥ ΑΥΤΟΥ ΚΑΤΑ ΤΟ ΑΨΘ’ ΜΑΥΩ Θ’.
Η επιγραφή αναφέρει ρητά «οικοδομήθη», άρα η χρονολογία 9 Μαίου 1709 αφορά τα εγκαίνια του ναού. Ωστόσο, τα ερωτηματικά σχετικά με το πόσο εφικτή ήταν η ανέγερσή του μετά το 1700 παραμένουν. Είναι γνωστό ότι τα τελευταία χρόνια της Βενετοκρατίας υπήρξαν για τη Σπιναλόγκα αφάνταστα δύσκολαεπειδή, αρκετά πριν από τον πόλεμο 1714-15, οι τουρκικές αρχές έιχαν απαγορε’υσει κάθε προμήθεια υλικών και αγαθών από την Κρήτη. Τα οικήματα που κατέρρεαν δεν ήταν δυνατόν να επισκευαστούν, από έλλειψη ασβέστη και ξυλείας. Το έργο της ανέγερσης δεν υπήρξε ασφαλώς εύκολο. Είναι εξάλλου χαρακτηριστικό ότι ο ναός κτίστηκε απάνω στα ερείπια του κεντρικού συγκροτήματος στρατώνων, το οποίο φαίνεται ότι είχε ήδη καταρρεύσει χωρίς ελπίδα επισκευής, σηματοδοτώντας έτσι την οριστική επικράτηση του ορθοδόξου κρητικού έναντι του βενετικού στοιχείου στην κοινότητα της Σπιναλόγκας.
Κατά την αποκατάσταση του ναού, το 1990-91, αφαιρέθηκαν τα εξωτερικά επιχρίσματα και οι λιθοδομές των όψεων αρμολογήθηκαν και αφέθηκαν εμφανείς. Αντικαταστάθηκαν οι πλάκες στα πλευρικά κλίτη με στέγες, απομακρύνθηκε το νεότερο κωδωνοστάσιο, και τοποθετήθηκαν ξύλινα κουφώματα στη θέση των σιδερένιων, που υπήρχαν προηγουμένως. Αφαιρέθηκαν τα τμήματα του τέμπλου που υπήρχαν στα πλάγια διαμερίσματα, όπου παραμένει μόνον η μικρή υπερύψωση του δαπέδου και τέλος επισκευάστηκαν όλα τα εσωτερικά επιχρίσματα.
(Τα στοιχεία για το ναό του Αγ. Παντελεήμονα της Σπιναλόγκας, είναι από τη διδακτορική διατριβή της Μαρίας Αρακαδάκη, «ΤΟ ΦΡΟΥΡΙΟ ΤΗΣ ΣΠΙΝΑΛΟΓΚΑΣ (1571-1715), Συμβολή στη μελέτη των επάκτιων και νησιωτικών οχυρών της Βενετικής Δημοκρατίας», Έκδοση Νομαρχ. Αυτοδιοίκησης Λασιθίου, Άγ. Νικόλαος 2001).
