Ο ιερός ναός αυτός βρίσκεται στα νοτιοδυτικά προάστια της πόλεως του Ηρακλείου, πάνω στην επαρχιακή οδό προς Προφήτη Ηλία και Φοινικιά και σε απόσταση εκατό μέτρα περίπου από την γέφυρα της εθνικής οδού.
Την προσωνυμία «χωστός» την πήρε από την παλιά υπόγεια εκκλησία,που βρίσκεται 7 μέτρα κάτω από την επιφάνεια της γης, χτισμένη προφανώς επί Ενετών σαν δεξαμενή νερού «σαρνίτσι» για την ύδρευση. Αργότερα, επί Τουρκοκρατίας, οι Χριστιανοί κυνηγημένοι την μετέτρεψαν σε ναό και τελούσαν κρυφά τις λειτουργίες, και σύμφωνα με την παράδοση χρησιμοποιήθηκε και σαν κρυφό σχολειό.
Τον παλαιό αυτό ναό ευλαβούμενοι, δύο αδέλφια από την Εύβοια, ο Γεώργιος και ο Νικόλαος Γκαγκόμοιρος, που ήταν έμποροι εδώ στο Ηράκλειο, μη έχοντας κληρονόμους αποφάσισαν το 1954 να ανεγείρουν στην επιφάνεια πια, ένα μικρό ναό, 30 τ.μ., ο οποίος υπάρχει και σήμερα και υπήρξε εξωκκλήσι της ενορίας Παναγίτσας Μασταμπά.Το 1988 με ενέργειες των κατοίκων, την συνδρομή της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Κρήτης και την ευλογία του τότε Αρχιεπισκόπου Κρήτης κυρού Τιμοθέου , έγινε ενορία με το υπό αριθμό 212 /Τ.Α. Φ.Ε.Κ./28/9/1988 .
Ο γράφων τοποθετήθηκε ως ο πρώτος εφημέριος στη νέα ενορία στις 5/3/1989,
και επειδή ο υπάρχων ναός των 30 τ.μ., δεν κάλυπτε τις ανάγκες της ενορίας, ξεκίνησαν έρανοι με στόχο την ανέγερση του νέου ναού του οποίου η θεμελίωση πραγματοποιήθηκε στις 28/8/1990 από τον αείμνηστο Αρχιεπίσκοπο Κρήτης κυρό Τιμόθεο.
Κατόπιν επίπονων προσπαθειών και εράνων μιας ομάδας ευσεβών χριστινών που ανέλαβαν το βάρος της ανέγερσης, αλλά και απλοϊκών ανθρώπων που στήριξαν με δωρεές την προσπάθεια αυτή , καταφέραμε μετά από 16 χρόνια με την βοήθεια του Θεού στις 2/7/2006 να τελέσουμε τα εγκαίνια του ναού με τον Θεοφιλέστατο επίσκοπο Κνωσού κ.κ. Ευγένιο νυν μητροπολίτη Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου , εντολή του τότε Σεβασμιωτάτου Αρχιεπισκόπου Κρήτης κ.κ. Τιμοθέου .
Τέλος δοξολογώντας τον τριαδικό Θεό μας για τα πλούσια ελέη Του στην προσπάθεια αυτή ,ευχαριστώ θερμά την Ιερά Αρχιεπισκοπή Κρήτης για την καθοδήγηση και την συμπαράσταση της , τα διατελέσαντα εκκλησιαστικά συμβούλια , τις ερανικές επιτροπές , τους πολυάριθμους δωρητές, και γενικά όλους τους συνεργάτες , που συνετέλεσαν στην αποπεράτωση του ναού μας που είναι αφιερωμένος στον Άγιο Ιωάννη τον πρόδρομο (29-Αυγούστου),στον Άγιο Βασίλειο (1- Ιανουαρίου ) και στον Άγιο Ραφαήλ Νικόλαο και Ειρήνη (την Τρίτη της Διακαινησίμου )
Ο ΠΡΟΪΣΤΑΜΕΝΟΣ
ΠΡΩΤΟΠΡΕΣΒΥΤΕΡΟΣ
ΑΝΤΩΝΙΟΣ ΠΑΠΟΥΤΣΑΚΗΣ
