Μικρός δίκλιτος ναός, ρυθμού βασιλικής. Το κεντρικό, βόρειο κλίτος είναι αφιερωμένο στην Υπαπαντή του Κυρίου (2 Φεβρουαρίου) και το μικρότερο, νότιο κλίτος στον πολιούχο της πόλης, Άγιο Μηνά (11 Νοεμβρίου).
Πρόκειται για το Μικρό Ναό του Αγίου Μηνά και της Παντάνασσας που βρίσκεται νοτιοδυτικά της μονής της Αγίας Αικατερίνης των Σιναϊτών. Αναφέρεται στους καταλόγους των εκκλησιών του Χάνδακα της εποχής της Βενετοκρατίας. Από το ναό της περιόδου πριν το 1735 σώζεται ένα χαρακτηριστικό γοτθικό παράθυρο στο βόρειο κλίτος. Κατά την άλωση της πόλης από τους Τούρκους, ο ναός βρέθηκε σε αχρηστία μέχρι και το 1735 οπότε, μετά από ενέργειες του τότε μητροπολίτη Γεράσιμου Λετίτζη, στο πατρικό σπίτι του οποίου ανήκε η παλαιά εγκαταλελειμμένη εκκλησία, γίνονται τα εγκαίνια του ανακαινισμένου πια νέου μητροπολιτικού ναού που γίνεται το κέντρο των ορθοδόξων χριστιανών της τουρκοκρατούμενης πόλης.
Ο ναός έχει δύο κλίτη καμαροσκέπαστα, το βόρειο είναι αφιερωμένο στην Παναγία την Παντάνασσα (Υπαπαντή) και το νότιο στον Άγιο Μηνά. Η σημερινή μορφή του μνημείου ελάχιστα διαφέρει από εκείνη της τουρκοκρατίας. Το τέμπλο του ναού, ιδιαίτερα εκείνο του κλίτους της Υπαπαντής, αποτελεί εξαίρετο δείγμα εκκλησιαστικής ξυλογλυπτικής (είναι επίχρυσο και χωρίζεται με κιονίσκους ανάμεσα στα πλαίσια των εικόνων). Πολλά από τα κειμήλια του ναού βρίσκονται σήμερα στη συλλογή της Αγίας Αικατερίνης, τα περισσότερα όμως έχουν καταστραφεί. Πολλές από τις εικόνες του ναού που σώζονται μέχρι σήμερα αποτελούν έργα
Κρητών αγιογράφων του 18ου αιώνα με μεγάλη καλλιτεχνική αξία.
Από το κλίτος του Ναού της Παντάνασσας ενδεικτικά αναφέρομε την εικόνα της Γέννησης του Χριστού (του Γεωργίου Κυδωνιαίου), την εικόνα της Παναγίας της Γαλακτοτροφούσας (του Γεωργίου Καστροφύλακα,), την Υπαπαντή (του Γεωργίου Καστροφυλάκου,), τον Άγιο Μηνά (ανώνυμη εικόνα) και άλλες εξίσου αξιόλογες. Από το κλίτος του Αγίου Μηνά ενδεικτικά αναφέρομε την εικόνα του Αγίου Τίτου με 12 παραστάσεις από το μαρτύριο των αγίων δέκα μαρτύρων της Κρήτης, τον Άγιο Μηνά με δώδεκα παραστάσεις με θέματα από το μαρτύριο και τα θαύματα του Αγίου, την Πλάση του Αδάμ και άλλες. Από τα πολυτιμότερα έργα του ναού είναι οι 6 εικόνες του Μιχαήλ Δαμασκηνού: Η Βάτος, η θεία Λειτουργία, Μη μου Άπτου, η Προσκύνησις των Μάγων, ο Μυστικός Δείπνος, και η Α' Οικουμενική Σύνοδος, που σήμερα βρίσκονται στη συλλογή της Αγίας Αικατερίνης.
Ο μικρός ναός του Αγίου Μηνά συνδέεται με μια από τις πλέον φρικιαστικές στιγμές της ιστορίας του τόπου. Τον Ιούνιο του 1821 οι Τούρκοι έσφαξαν το μητροπολίτη, Γεράσιμο Παρδάλη, επισκόπους, ηγούμενους, κληρικούς και απλούς πολίτες που βρέθηκαν μέσα στο ναό και στον περίβολό του.
Αξίζει εδώ να αναφερθεί και το θαύμα του 1826 που συνδέεται άμεσα με τον Άγιο Μηνά και την εκκλησία του. Εκείνο το Πάσχα και ενώ εκκλησιάζονταν οι χριστιανοί μέσα στο ναό, οι Τούρκοι αποφάσισαν να τους επιτεθούν και να τους σφάξουν. Τη στιγμή όμως που ήταν έτοιμοι για την αποτρόπαια αυτή πράξη τους, εμφανίστηκε μπροστά τους ένας αξιωματικός καβαλάρης με γυμνό σπαθί που τους απέτρεψε και τους κατεδίωξε από το ναό. Αυτοί πάλι νομίζοντας ότι πρόκειται για το πρωτοπαλίκαρό τους Αγιάν Αγά έφυγαν φοβισμένοι. Οι χριστιανοί πίστεψαν ότι πρόκειται για θαύμα και ότι ο καβαλάρης ήταν ο ίδιος ο Άγιος Μηνάς που προστάτεψε τους κατοίκους και την πόλη τους.
Ο ναός καταστράφηκε από το μεγάλο σεισμό του 1856 και μετά από ένα χρόνο αρχίζει και πάλι να επισκευάζεται. Στα χρόνια αυτά, δηλαδή στα μέσα του 19ου αιώνα, τοποθετείται καμπάνα για πρώτη φορά στη Μητρόπολη.
Αξίζει εδώ να αναφερθεί και το θαύμα του 1826 που συνδέεται άμεσα με τον Άγιο Μηνά και την εκκλησία του. Εκείνο το Πάσχα και ενώ εκκλησιάζονταν οι χριστιανοί μέσα στο ναό, οι Τούρκοι αποφάσισαν να τους επιτεθούν και να τους σφάξουν. Τη στιγμή όμως που ήταν έτοιμοι για την αποτρόπαια αυτή πράξη τους, εμφανίστηκε μπροστά τους ένας αξιωματικός καβαλάρης με γυμνό σπαθί που τους απέτρεψε και τους κατεδίωξε από το ναό. Αυτοί πάλι νομίζοντας ότι πρόκειται για το πρωτοπαλίκαρό τους Αγιάν Αγά έφυγαν φοβισμένοι. Οι χριστιανοί πίστεψαν ότι πρόκειται για θαύμα και ότι ο καβαλάρης ήταν ο ίδιος ο Άγιος Μηνάς που προστάτεψε τους κατοίκους και την πόλη τους.
Ο ναός καταστράφηκε από το μεγάλο σεισμό του 1856 και μετά από ένα χρόνο αρχίζει και πάλι να επισκευάζεται. Στα χρόνια αυτά, δηλαδή στα μέσα του 19ου αιώνα, τοποθετείται καμπάνα για πρώτη φορά στη Μητρόπολη.
