Πίσω από το μεγάλο κηποθέατρο, στη χαμηλή πλατεία της Πύλης Ιησού, διαμορφώθηκε το 1980 ύστερα από πρόταση του Μάνου Χατζηδάκι και με σχέδια του Διονύση Φωτόπουλου, το Μικρό Κηποθέατρο, που πήρε το όνομα του μεγάλου συνθέτη.
Είναι μία λυόμενη κατασκευή ούτως ώστε να μην προκαλούνται ζημιές στα Ενετικά Τείχη, τα οποία έχουν χαρακτηρισθεί ως διατηρητέα μνημεία.
Στο Μικρό Κηποθέατρο (400 - 450 θέσεων), όπως και στο μεγάλο, έγιναν πολλές και σημαντικές εκδηλώσεις του «Μουσικού Αυγούστου» και θεσμού «Ηράκλειο - Καλοκαίρι».
