Το Μουσικό Σχολείο Ρεθύμνου ιδρύθηκε το 1991. Για τρία χρόνια φιλοξενήθηκε σε αίθουσες που είχε παραχωρήσει το 1ο Γυμνάσιο στο λόφο του Τιμίου Σταυρού. Από το 1994 μεταφέρθηκε, μετά από δυναμικές κινητοποιήσεις της σχολικής κοινότητας, στο κτίριο του πρώην Ορφανοτροφείου όπου στεγάζεται έως σήμερα.
Το κτίριο αυτό δεν έχει σχεδιαστεί για να στεγάσει σχολείο, είναι όμως ένα όμορφο νεοκλασικό κτίριο που αποπνέει τέχνη και προσελκύει την προσοχή για την αισθητική του. Οι προσαρμογές που έχουν γίνει στους εσωτερικούς χώρους μπορούν να προσφέρουν μια αξιοπρεπή λειτουργία, δεν αρκούν όμως για να αναπτύξει ένα Μουσικό Σχολείο τις δυνατότητές του. Στο Μουσικό Σχολείο Ρεθύμνου λειτουργούν Γυμνάσιο και Λύκειο με τρία τμήματα το καθένα και φοιτούν 105 μαθητές .
Το ωρολόγιο πρόγραμμα ξεκινά στις 08.15 π.μ. και λήγει στις 15.00 μ.μ. με μεσημεριανή διακοπή για φαγητό, το οποίο προσφέρεται δωρεάν.
Δωρεάν επίσης γίνεται και η μεταφορά των μαθητών από και προς το σχολείο.
Σκοπός του Μουσικού Σχολείου είναι η προετοιμασία και η κατάρτιση των νέων που επιθυμούν να ασχοληθούν επαγγελματικά με τη μουσική , χωρίς να υστερούν σε γενική παιδεία, αν τελικά επιλέξουν να ακολουθήσουν άλλους επιστημονικούς ή επαγγελματικούς τομείς στη ζωή τους .
Αυτό σημαίνει ότι οι απόφοιτοι του Μουσικού Σχολείου μπορούν να διεκδικήσουν ,μέσω των πανελλήνιων εξετάσεων ,την εισαγωγή τους όχι μόνο στις μουσικές σχολές , αλλά και σε όλες τις σχολές των ΑΕΙ και ΤΕΙ .
Μπορούν, επίσης, να συνεχίσουν τις σπουδές τους, όπου αλλού επιθυμούν στην Ελλάδα ή το εξωτερικό.
Ανάμεσα στους πολλούς στόχους που κάθε σχολείο θέτει, πρωταρχικοί στόχοι για το σχολείο μας είναι να διαμορφώσουμε ανθρώπους με γνώση και γνώμη υπεύθυνη, απρόσφορους για παραπλάνηση και απρόσβλητους από σειρήνες, συνειδητούς πολίτες και όχι ιδιώτες, ανθρώπους που να αντιλαμβάνονται τα προβλήματα της εποχής μας και να παίρνουν υπεύθυνη θέση σ’ αυτά με ευαισθησία, ανθρώπους που να αναζητούν, να αναγνωρίζουν το καλό και το ωραίο, όπου κι αν βρίσκονται αυτά, να τα προστατεύουν και να τα κάνουν τρόπο ζωής, εφαρμόζοντας αυτό που ο Πλάτωνας έλεγε ότι «... η τέχνη πρέπει να μπει στη ζωή μας, ή καλύτερα να γίνει η ζωή μας τέχνη
