Το δημοτικό σχολείο Μιλάτου είναι ένα από τα πιο ιστορικά σχολεία του νομού Λασιθίου. Ξεκίνησε τη λειτουργία του ως εκκλησιαστικό σχολείο το 1800 και στεγαζόταν στην εκκλησία του Αγίου Δημητρίου και σε οικείες. Το σχολείο της Μιλάτου ήταν μαζί με αυτό της Κριτσάς τα πρώτα που λειτούργησαν στο Λασίθι. Πρώτος δάσκαλος ο Ι. Κατσαράκης από το Καρύδι Μεραμβέλλου, ο οποίος έμαθε τα πρώτα του γράμματα στην ιερά μονή Αρετίου και στη συνέχεια παντρεύτηκε κι έμεινε στη Μίλατο. Η σύζυγος του αιχμαλωτίστηκε στην άλωση του σπηλαίου της Μιλάτου (1823) και μεταφέρθηκε στην Κων/λη όπου αργότερα πέθανε. Ο Ι. Κατσαράκης εξάσκησε το επάγγελμα του δασκάλου μέχρι του 1835. Επόμενος δάσκαλος ανέλαβε ο Γ. Κατσαράκης μέχρι το 1850.
Άλλοι δάσκαλοι που δίδαξαν οι: Κοζύρης, Ν. Μανούσος, Καλάιτζης, Ξέπαπας, Μαραντώνης, Μιχ. Πεδιώτης.
Το 1870 το σχολείο μετατρέπεται σε κοινοτικό και στεγάζεται σε νέο κτήριο στο οποίο παραμένει μέχρι και σήμερα. Αυτό μαρτυρεί και αναμνηστική πλάκα η οποία υπήρχε στην πόρτα του σχολείου: "Αρχή Σοφίας φόβος Κυρίου. Η παρούσα σχολή ανηγέρθη τη φιλομούσω ενεργεία του εξοχοτάτου Διοικητού Κωστάκη Αδοσίδη και δι΄ εξόδων της Κοινότητας του χωρίου Μιλάτου την 4η Μαϊου 1870". (Η πλάκα αυτή σώζεται μέχρι και σήμερα στο εσωτερικό του σχολείοιυ, στην αίθουσα που χρησιμοποιεί ο πολιτιστικός σύλλογος Μιλάτου).
Ιδρυτής του Κοινοτικού Σχολείου Μιλάτου υπήρξε ο Π. Πάντσος καταγόμενος από τη Συληβρία της Ανατολικής Θράκης.
Το σχολείο είχε μια αίθουσα διδασκαλίας (δυτική) και μια άλλη μικρότερη (ανατολική) που χρησίμευε ως οικεία και γραφείο του διδασκάλου. Το 1947 τοποθετήθηκαν στο σχολείο κεραμίδια και το 1952-1953 κατεδαφίσθηκε η ανατολική αίθουσα και κατασκευάστηκε άλλη μεγαλύτερη, η οποία πλέον χρησιμοποιήθηκε και αυτή ως αίθουσα διδασκαλίας.
Σύμφωνα με τα σχετικά αρχεία, το Δημοτικό Σχολείου Μιλάτου το 1876 είχε 80 μαθητές, το 1920 είχε 108, το 1950 είχε 46, το 1970 είχε 26 μαθητές και το 1990 είχε 19. Σήμερα, λόγω των νέων συνθηκών που επικρατούν στην εκπαίδευση (ολοήμερα σχολεία, διδασκαλία ξένων γλωσσών, υπολογιστών κ.λ.π.) οι περισσότεροι γονείς της Μιλάτου στέλνουν τα παιδιά τους στο εξατάξιο δημοτικό σχολείο Σισίου, όπου λειτουργεί και νηπιαγωγείο. Έτσι, από τον Οκτώβριο του 2004 έχει ανασταλεί η λειτουργία του δημοτικού σχολείου Μιλάτου. Αυτό δεν είναι κάτι το οποίο πρέπει οπωσδήποτε να αντιμετωπιστεί ως αρνητική εξέλιξη, αφού οι σύγχρονες εκπαιδευτικές ανάγκες δεν ευνοούν πλέον την ύπαρξη μονοθέσιων σχολείων και τα πολυθέσια σχολεία προσφέρουν πολλά περισσότερα στα παιδιά.
