Δεκαεπτά χιλιόμετρα από το Ρέθυμνο βρίσκονται τα Χάρκια. Αποτελούσαν έδρα παλαιότερης κοινότητας που σήμερα υπάγεται στο Δήμο Αρκαδίου. Από την πόλη του Ρεθύμνου μπορεί κανείς να έχει πρόσβαση στο χωριό με διάφορους τρόπους. Είτε μέσω της μονής Αρκαδίου ακολουθώντας τη διαδρομή: Ρέθυμνο – Αρκάδι – Καβούσι – Χάρκια, είτε μέσω της διαδρομής: Ρέθυμνο – Άδελε – Αγία Τριάδα – Χάρκια.
Τα Χάρκια βρίσκονται σε τοποθεσία που πιθανόν στο παρελθόν να αποτελούσε τα νότια σύνορα της περιοχής του αρχαίου Αρίου ή Αγρίου (σύμφωνα με πολλούς μελετητές , περιελάμβανε τα χωριά που βρίσκονται βορειοανατολικά της σημερινής επαρχίας Ρεθύμνης). Ο ποταμός Ά(γ)ριος, το σημερινό φαράγγι του Αρκαδίου, καθόριζε τα σύνορα Α(γ)ρίου-Μυλοποτάμου. Δυτικό σύνορο του ήταν το λεγόμενο Ξεροκάμαρο κοντά στο Ρέθυμνο, ενώ τα νότια όριά του πιθανολογείται ότι έφταναν στις περιοχές όπου σήμερα βρίσκονται τα Χάρκια και το Καβούσι. Θα μπορούσαμε λοιπόν να πούμε ότι το Ά(γ)ριο περιελάμβανε το σημερινό Δήμο Αρκαδίου. Η ονομασία για την περιοχή αυτή υπάρχει τουλάχιστον από τον 9ο-10ο αιώνα μέχρι και την κατάκτηση της Κρήτης από τους Τούρκους. Είναι άγνωστο πότε κατοικήθηκε για πρώτη φορά η περιοχή. Σε ανασκαφές που έγιναν την περίοδο 1991-1992, 2 χιλιόμετρα ανατολικά των Χαρκίων, προς το χωριό Καβούσι, εντοπίστηκαν τεμάχια από ένα μεγάλο πιθάρι μινωικής εποχής. Η σωστική ανασκαφή έφερε στο φως αρχιτεκτονικά κατάλοιπα, εν πολλοίς κατεστραμμένα από τις γεωργικές εργασίες που είχαν λάβει χώρα στην τοποθεσία αυτή. Η κεραμική που βρέθηκε χρονολογείται στην πρωτομινωική ΙΙ (3000/2900-2300/2150 π.Χ.), μεσομινωική ΙΙ (19ος αιώνας – 1700 π.Χ.) και μεσομινωική ΙΙΙ – υστερομινωική ΙΑ περίοδο (1700-1480 π.Χ.). Μια δεύτερη μινωική θέση, 1,5 χιλιόμετρο ΝΔ της πρώτης, αποκαλύφθηκε και πάλι ύστερα από γεωργικές εργασίες. Εντοπίστηκε τμήμα οικιστικής μονάδας που χρονολογείται στη μεσομινωική ΙΙ-ΙΙΙ περίοδο (19ος αι.π.Χ. – περίπου 1600 π.Χ.). Τα ευρήματα αυτά προσδιορίζουν, κατά προσέγγιση, την αρχή της εγκατάστασης ανθρώπων στην περιοχή. Αν ήταν συνεχής, ανά τους αιώνες, η ανθρώπινη παρουσία με τη μορφή οργανωμένης κοινότητας, δεν το γνωρίζουμε, αλλά σίγουρα οι ανασκαφές που αναφέραμε ενισχύουν την άποψη αυτή. Δε θα πρέπει να λησμονήσουμε την ύπαρξη της Συβρίτου (σημερινό Θρόνος Αμαρίου) λίγα μόλις χιλιόμετρα μακριά, μίας από τις μεγαλύτερες πόλεις της αρχαίας Κρήτης, που άκμασε μέχρι και τη Β’ Βυζαντινή περίοδο.
Σίγουρη θα πρέπει να θεωρήσουμε την ύπαρξη οικισμών κατά την Αραβοκρατία (824-961 μ.Χ.), κατά την οποία πιθανόν να πήρε την ονομασία του το γειτονικό Καβούσι (από το kavuz=μικρή πηγή). Η άποψη αυτή ενισχύεται από τις μεταγενέστερες χρονικά απογραφές των Ενετών, αφού το όνομα του χωριού ήταν ήδη γνωστό . Τα ενδιαφέροντα τοπωνύμια Κεφάλι και Έδρα στην περιοχή των Χαρκίων οδηγούν σε συνειρμούς για πιθανές πλευρές της ιστορίας του χωριού, κατά τη Βυζαντινή περίοδο, με ευρύτερη πολιτική ή θρησκευτική σημασία για την περιοχή. Η παλαιότερη αναφορά που ώς τώρα έχει καταγραφεί για τα Χάρκια είναι του 1577. Εκεί αναφέρεται το όνομα του χωριού, ως Gharchia, στην απογραφή του Βενετοκρητικού Φραντζέσκο Μπαρότσι. Επίσης το 1583 μνημονεύεται από τον Πέτρο Καστροφύλακα ως Carchia, με 128 κατοίκους και 190 οφειλόμενες αγγαρείες προς την Ενετική κατοχική διοίκηση, και από τον Φραντζέσκο Βασιλικάτα ως Charchia το 1630. Στην έκθεση του Ενετού Νικόλα Γκουάλντο το 1633 με τίτλο «Territorio di Rettimo» το χωριό καταγράφεται Gerachia και Garachia με υποχρεώση συμμετοχής στη σκοπιά του πύργου των Σαγκουινάτσων (Torre Sanguinazzo sentinalla) μαζί με τα χωριά Πηγή, Άνω και Κάτω Καβούσι, Λούτρα, Αγ. Δημήτριος.
Στην τουρκική απογραφή του 1659 καταγράφεται ως Harkia με 24 σπίτια , ενώ μία ακόμα αναφορά του Βικέντιου Κορονέλι στα 1686 καταγράφει το χωριό ως Chlarkia. Το συμπέρασμα των παραπάνω είναι ότι τα Χάρκια διατηρούν αναλλοίωτη την ονομασία τους τουλάχιστον από το 1577 ανεξάρτητα από τον τρόπο γραφής των εκάστοτε κατακτητών. Σε νοταριακό έγγραφο (συμβόλαιο) του νοτάριου Τζώρτζη Πάντιμου (1639) αναφέρονται τα Χάρκια όπως επίσης και σε έγγραφο του νοτάριου Μαρίνου Αρκολέο (1644) όπου για πρώτη φορά καταγράφονται ονόματα Χαρκιανών. Επί Ενετών τα Χάρκια αναφέρονται στη Φρουριακή Έκθεση των παραλίων του Ρεθύμνου, με συμμετοχική υποχρέωση αποστολής πέντε φρουρών στη φρουριακή θέση Άγιος Σωτήρας του όρους Βρύσινας με αρχηγό το Μανώλη Χορτάτζη. Η φρουριακή αυτή θέση (Salvator Di Vresina) ήταν εκείνη που λάμβανε τα σήματα της νότιας θάλασσας και τα μετέδιδε στο Ρέθυμνο. Στο μεγαλειώδες έπος του Ρεθεμνιώτη Μαρίνου Τζάνε Μπουνιαλή «Κρητικός Πόλεμος», που αφηγείται την κατάληψη της Κρήτης από τους Τούρκους (1642-1669), αναφέρεται το χωριό ως ένα από αυτά που ένιωσαν τη μανία του κατακτητή: «...Αλιάκες, Χάρκια παίρνουσι, Καβούσι και Κυριάννα...» Μια νέα περίοδος για τα Χάρκια, αλλά και για ολόκληρη την Κρήτη, μόλις άρχιζε...
Η αγωνιστικότητα και η θυσία των Χαρκιανών ήταν πολύ σημαντικές στους συνεχιζόμενους απελευθερωτικούς αγώνες κατά των Τούρκων. Πιο συγκεκριμένα στις συνεχείς επαναστάσεις του 19ου αιώνα πολέμησαν Χαρκιανοί και Καβουσανοί, όπως συνέβη στο χωριό Σκουλούφια, όπου προσπάθησαν μάταια να αναχαιτίσουν τις τουρκικές δυνάμεις που κατευθύνονταν προς το Αρκάδι . Επαναστάτες με επικεφαλής τον Παπά Μαρουλιανό, το Στυλιανό Βαρδάκη και το Χαρκιανό Νικόλαο Βενιανάκη πολέμησαν στην περιοχή του όρους Βρύσινας στις 20 Οκτωβρίου 1866, καταλαμβάνοντας τα υψώματα «Ακόνια», «Πέταλο» και «Κεντρί», σε μια μάχη στην οποία έλαβε μέρος με τους άνδρες του και ο Πάνος Κορωναίος, γενικός αρχηγός του αγώνα. Ο εχθρός αρχικά αποκρούσθηκε αλλά έπειτα, όταν ενισχύθηκε με ισχυρή δύναμη από το Ρέθυμνο, ανάγκασε τους επαναστάτες να υποχωρήσουν. Για την καλύτερη αμυντική θωράκιση της περιοχής του Αρκαδίου καταλήφθηκαν θέσεις στα χωριά Χάρκια, Καβούσι και Σκουλούφια. Ομάδα Τουρκοκρητικών, κινούμενοι με τους αρχηγούς τους προς το Αρκάδι το πρωί της 7ης Νοεμβρίου, προσπάθησαν να παραπλανήσουν τους αμυνόμενους κρατώντας Ελληνικές σημαίες. Το τέχνασμα αυτό αντιλήφθηκε ο Βενιανάκης που ήταν υπεύθυνος της φρουράς της περιοχής και τους έτρεψαν σε φυγή. Για το Νικόλαο Βενιανάκη αναφέρουμε περισσότερα παρακάτω. Στο Αρκάδι έντονη ήταν η παρουσία των υπόλοιπων Χαρκιανών αγωνιστών. Στο έργο του Τιμόθεου Βενέρη «Το Αρκάδι δια των αιώνων» αναφέρονται «οι εκ του χωρίου Χάρκια αιχμαλωτισθέντες Βενιανάκης Νικόλαος, Κατικάς Ιωάννης ή Καπαρός, Κατικάς Μιχαήλ ή Καπαρός, Τσιγώνης Νικόλαος με τη σύζυγό του Ελισάβετ το γένος Φουρτίνη από την Βισταγή Αμαρίου και οι φονευθέντες Βασιλακάκης Ιωάννης ή Χαρκιανός (παντρεμένος στην Αμνάτο), Κατικάς Εμμανουήλ ή Καπαρός, Κατικά Μαρία, Γεώργιος Μιχ. Μακρυπόδης με τη σύζυγο του Ειρήνη Φραγκ. Κοτζαμπασοπούλα από το Καβούσι, 8 μηνών έγκυος και τα τέκνα αυτών Ειρήνη, Μιχαήλ, Σοφία, Νικόλαο, Ευαγγελία, Ευάγγελο, ολοκαυτωθέντες εν τη πυριτιδαποθήκη ».
Όπως και τα περισσότερα χωριά της Κρήτης, τα Χάρκια είναι χτισμένα χωρίς καμία ιδιαίτερη αρχιτεκτονική. Το κλίμα της περιοχής έπαιζε σπουδαίο ρόλο στη διαμόρφωση του οικισμού. Στις ορεινές περιοχές όπως των Χαρκίων όπου το κρύο και πολλές φορές το χιόνι κυριαρχούν το χειμώνα, τα πέτρινα σπίτια κτίζονταν το ένα δίπλα στ’ άλλο. Είχαν πολλούς τοίχους κοινούς, τους λεγόμενους «μεσότοιχους», και ένα ή δύο εκτεθειμένους στην ατμόσφαιρα. Έτσι η θερμότητα από την παρασιά (=τζάκι) διατηρούνταν περισσότερο. Οι χωμάτινες στέγες των, από το ειδικό «δωματόχωμα» , τη λεπίδα, ήταν συνέχεια η μία με την άλλη, σε τέτοιο σημείο ώστε να μην αναγνωρίζονται τα όρια των κατοικιών που στέγαζαν. Τα στενά σοκάκια είναι ένα ακόμη χαρακτηριστικό της αρχιτεκτονικής των χωριών της Κρήτης. Ένα κτίριο άξιο αναφοράς είναι το παλιό σχολείο του χωριού στην κατασκευή του οποίου πρωτοστάτησε ο Ιωάννης Κατικάκης, στο ισόγειο του οποίου μετέπειτα στεγάστηκε το κοινοτικό γραφείο. Το νεότερο σχολείο του χωριού, ερημωμένο πλέον και αυτό, χτίστηκε στα βόρεια, αμέσως μετά την εκκλησία του Αγ. Αντωνίου. Σήμερα στον περίβολο του σχολείου βρίσκεται το καφενεδάκι του πολιτιστικού συλλόγου.
Στο βάθος της ρεματιάς ανατολικά του χωριού βρίσκεται η παλαιά εκκλησία της Αγίας Άννας (25 Ιουλίου). Στον περίβολό της η πελώρια δάφνη, που έχει κι αυτή τη δική της ιστορία (ο θρύλος μιλά για τρεις νέες που θάφτηκαν εκεί όπου σήμερα είναι η δάφνη), καλύπτει ένα μεγάλο μέρος του ναού. Στο εσωτερικό της εκκλησίας ξεχωριστή θέση κατέχει το περίτεχνο τέμπλο, το οποίο, όπως αναφέρεται, σκαλίστηκε από κάποιον βοσκό (θρυλείται ότι καταγόταν από τα Πλατάνια της επαρχίας Αμαρίου), που το είχε τάσσιμο (τάμα), ο οποίος πέθανε πριν προλάβει να ολοκληρώσει το σκάλισμα.
Σε επίσκεψή του το καλοκαίρι του 2004, ο διακεκριμένος καθηγητής αρχαιολογίας Ιωάννης Ηλ. Βολανάκης κατέληξε, με σχετική βεβαιότητα, στο συμπέρασμα ότι το σημερινό κτίσμα του ναού οικοδομήθηκε γύρω στα 1800 πάνω στα ερείπια προγενέστερου κτίσματος (φαίνονται ίχνη από μία ή και δύο παλαιότερες οικοδομές κάτω από τη σημερινή), εκτός αν απλώς ο ναός ανακαινίστηκε τότε, σε βαθμό όμως που είναι αδύνατον να υπολογίσουμε την αρχική του μορφή ή την εποχή της πρώτης του οικοδόμησης χωρίς τη διενέργεια ανασκαφών. Οι εικόνες του τέμπλου πάντως εκατέρωθεν της Ωραίας Πύλης (αναγεννησιακής τεχνοτροπίας) πρέπει να είναι του 1860, όπως φαίνεται από φθαρμένη επιγραφή. Κατά μαρτυρία του προηγουμένου της Μονής Αρκαδίου π. Τίτου Βαμβακά, το Δωδεκάορτο του τέμπλου του ναού (οι εικόνες των δώδεκα μεγάλων εορτών που ζωγραφίζονται στην κορυφή του τέμπλου) αγιογραφήθηκαν το 1905, συγχρόνως με το αντίστοιχο Δωδεκάορτο του ιστορικού ναού των αγίων Κωνσταντίνου και Ελένης του Αρκαδίου. Η εκκλησία του Αγίου Αντωνίου, κτισμένη στα τέλη της δεκαετίας του 1970 σε περίοπτη θέση στο πάνω μέρος του χωριού, είναι ευρύχωρη, επιβλητική, με αξιόλογο τέμπλο και αγιογραφικό διάκοσμο. Τέλος, στο λόφο Κεφάλι, στο βορινό τμήμα του χωριού, βρίσκεται το γραφικό παρεκκλήσι του Αγ. Νικολάου (1992).
