O οικισμός της Βασιλικής, ένας από τους πρώτους μινωικούς οικισμούς με πολεοδομική οργάνωση, καταλαμβάνει τις πλαγιές και την κορυφή χαμηλού λόφου που βρίσκεται κοντά στο χωριό Βασιλική, πολύ κοντά στον μινωικό οικισμό των Γουρνιών. Ξεκινά την ύπαρξή του στην Πρωτομινωική ΙΙ εποχή (2600-2300 π.Χ.) και οφείλει την ακμή του όχι μόνο στη σημαντική του θέση, απ΄όπου γίνεται η διέλευση του Ισθμού της Ιεράπετρας, αλλά και στην εύφορη πεδιάδα της περιοχής. Το κεντρικό κτήριο του οικισμού καταστράφηκε από φωτιά γύρω στο 2.300 π.Χ. Υπήρξε όμως μεταγενέστερα ανακατάληψη του λόφου, έχουν μάλιστα αποκαλυφθεί ένα Μεσομινωικό κτήριο (2200-1900π.Χ.) καθώς και ίχνη κατοίκησης κατάτους Ρωμαϊκούς χρόνους.
Tις πρώτες ανασκαφικές έρευνες έκαναν Αμερικανοί αρχαιολόγοι, η H. Boyd πρώτα και ο R.B. Seager λίγο αργότερα, στις αρχές της δεκαετίας του 1900. Στα 1970 άρχισαν συστηματικές ανασκαφές από τον Α. Ζώη για λογαριασμό της Αρχαιολογικής Εταιρείας. Καθαρίστηκε και ερευνήθηκε στρωματογραφικά η παλαιότερη ανασκαφή.Οι ανασκαφικές έρευνες συνεχίζονται ως και σήμερα.
Tα σημαντικότερα μνημεία και αρχιτεκτονικά σύνολα του μινωικού οικισμού της Βασιλικής είναι τα ακόλουθα:
Το επονομαζόμενο "σπίτι του Λόφου". Είναι ένα πολύ μεγάλο οικοδόμημα, το οποίο μπορεί να θεωρηθεί πρόδρομος, σε μικρή βέβαια κλίμακα, των μεταγενέστερων μινωικών ανακτόρων.Ο προσανατολισμός των τεσσάρων γωνιών του στα τέσσερα σημεία του ορίζοντα δείχνει επιρροές από την αρχιτεκτονική της Ανατολής. Τα δωμάτια του οικοδομήματος αυτού είναι ορθογώνια, ενοποιούμενα με επιμήκεις διαδρόμους. Η νότια πτέρυγα είναι η μεγαλύτερη. Μερικά από τα επιμήκη δωμάτια μπορούν να ταυτισθούν με αποθήκες, άλλα είναι προσωπικά ενδιαιτήματα, ενώ υπάρχει και μια πλακόστρωτη αυλή με φωταγωγό ή λαξευμένο στο βράχο αγωγό. Η εσωτερική επιφάνεια των δωματίων ήταν επενδυμένη με κονίαμα κόκκινο, ενώ οι τοίχοι ενδυναμώνονταν με δοκάρια ξύλινα, παράλληλα προς αυτούς. Στο ισόγειο οι τοίχοι είναι δομημένοι με μικρές πέτρες και συνδετικό υλικό πηλό ανακατωμένο με άχυρο, ενώ ο όροφος ήταν κατασκευασμένος από πλίνθους.
Το σπίτι Α της Μεσομινωικής εποχής, στη συμβολή δύο δρόμων με στενή θύρα από τον κλιμακωτό δρόμο, είναι χαρακτηριστικό παράδειγμα των σπιτιών της μινωικής εποχής, στα οποία τα δωμάτια προστίθονταν ανάλογα με τις ανάγκες. Παρόλα αυτά υπήρχε μια κανονικότητα στην κατασκευή τους. Ο οικισμός φαίνεται να είχε τέσσερις κύριες οικοδομικές φάσεις, σε κάθε μία από τις οποίες υπάρχουν ίχνη σπιτιών της αντίστοιχης περιόδου. Ειδικά στην Μεσομινωική εποχή, σπίτια θα πρέπει να καταλάμβαναν όλη την ανατολική πλευρά του λόφου.
