Ο φυσικός όρμος του Ηρακλείου, που διαμορφώθηκε στο πέρασμα των αιώνων στο σημαντικότερο λιμάνι της Ανατολικής Μεσογείου, δεν υπήρξε ούτε ιδιαίτερα μεγάλος, ούτε ιδιαίτερα βαθύς και σίγουρα καθόλου απάνεμος. Οι πρώτες λιμενικές εγκαταστάσεις παραμένουν άγνωστης χρονολόγησης, παρ’ όλα αυτά έγκριτοι επιστήμονες αναγνωρίζουν σ’ αυτές λαξεύσεις αρχαίων χρόνων.
Η πρώτη σοβαρή προσπάθεια δημιουργίας οργανωμένου λιμανιού στον όρμο του Χάνδακα έγινε στην περίοδο της Αραβοκρατίας (9ος-10ος). Από τη μία η νευραλγική θέση του σε σχέση με τις θαλάσσιες οδούς της Ανατολικής Μεσογείου διευκόλυνε τις πειρατικές επιχειρήσεις των Αράβων πειρατών, και από την άλλη η ύπαρξη λιμανιού εξυπηρετούσε στην αξιοποίηση των πλουτοπαραγωγικών πηγών της Κρήτης για τις εμπορικές συναλλαγές τους με ισλαμικές χώρες.
Με την ανάκτηση της Κρήτης στα εδάφη της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας το 961 μ.Χ. ο Χάνδακας σταδιακά εξελίσσεται σε ακμαία πόλη με αστική οργάνωση και συνεπώς οχυρώνεται και οργανώνει καλύτερα το λιμάνι της.
Όταν το νησί ήρθε στα χέρια των Ενετών (1204), η Κάντια (όπως ονόμαζαν οι Ενετοί το Ηράκλειο, αλλά και την Κρήτη ολόκληρη) γίνεται η «άλλη Βενετία της Ανατολής» και το λιμάνι της είναι το μοναδικό στην ελληνική επικράτεια με εξαγωγικό εμπόριο σε τόσο μεγάλη κλίμακα. Κυρίως τους δύο τελευταίους αιώνες της ενετικής κυριαρχίας ήταν το σημαντικότερο λιμάνι της Ανατολικής Μεσογείου. Εξαγώγιμα προϊόντα ήταν κυρίως το κρασί, το μέλι, το τυρί, το κερί, το μετάξι, οι σταφίδες, το μπαμπάκι, το λάδι και το αλάτι, που αποτελούσε ενετικό μονοπώλιο.
Από την αρχή το λιμάνι του Ηρακλείου παρουσίαζε την ανάγκη συνεχών εκβαθύνσεων λόγω απόθεσης άμμου, τις οποίες πραγματοποιούσαν οι ενετοί με διάφορες τεχνικές της εποχής. Τον 17ο μ.Χ. αιώνα το λιμάνι πήρε την τελική του μορφή ικανό να ελλιμενίσει 50 γαλέρες (Φραγκίσκος Βασιλικάτα 1625).
Την περίοδο της τουρκοκρατίας (17ος-19ος) το λιμάνι ελάχιστα διαφοροποιείται από την προηγούμενη περίοδο.
Το ενετικό λιμάνι κατασκεύασαν οι Ενετοί από τα πρώτα χρόνια της μακράς κατάκτησης της Κρήτης. Προηγουμένως σε χρήση ήταν το φυσικό λιμανάκι του κόλπου του Δερματά. Οι Ενετοί το μετέφεραν στη σημερινή του θέση, εκεί όπου λειτούργησε ένα, για την εποχή του, αρκετά μεγάλο λιμάνι, στην ουσία κέντρο για τη Μεσόγειο επί αιώνες. Χρησιμοποιήθηκε μέχρι και τα τέλη της δεκαετίας του 1960, όταν ολοκληρώθηκε η επέκταση και το μεγάλο, πλέον, λιμενικό έργο
Το δεύτερο φρούριο ήταν συμπληρωματικό οχυρωματικό έργο των Τούρκων για την ασφάλεια του λιμανιού και στην ουσία θα υποστήριζε την άμυνα μαζί με τον μεγάλο Κούλε, που είχαν χτίσει οι Ενετοί.
Το 1936 κατεδαφίστηκε ώστε να ανοίξει περισσότερο η είσοδος του λιμανιού. Και τότε, όπως και σήμερα, τα μνημεία θεωρούνται μικρότερης σημασίας και θυσιάζονται για την όποια ανάπτυξη. Ειδικά αν είναι μνημεία που άφησαν πίσω τους οι κατακτητές…
Το μικρό βενετσάνικο λιμάνι διατηρεί ακόμη το σχήμα του απαράλλακτο. Κατά τη Βενετοκρατία υπήρξε ο σπουδαιότερος σταθμός θαλάσσιας επικοινωνίας Ανατολής και Δύσης. Ολοι οι ταξιδιώτες που ταξίδευαν τότε στη λεγόμενη σήμερον Μέση Ανατολή και Αγ. Τόπους περνούσαν από το Χάντακα. Τα περισσότερα μοναστήρια είχαν πολλούς ξενώνες, που τους ωνόμαζαν με το ελληνικό όνομα ξενοδοχεία, όπου φιλοξενούνταν οι προσκυνητές. Γενικά το λιμανάκι αυτό υπήρξε το σπουδαιότερο ναυτικό κέντρο στην ανατολική Μεσόγειο την εποχή εκείνη. Πολλές φορές γέμιζε από το στόμιό του άμμο και εμπόδιζε τον είσπλουν των πλοίων, ώσπου να το αδειάσουν.
Η Ελλάδα έχει πλούσια παράδοση στη ναυτιλία, από τους προκλασικούς ακόμα χρόνους . Η παράδοση αυτή, μέσα από τους αιώνες, ήταν άρρηκτα συνδεδεμένη με το διεθνές εμπόριο που ο φορέας ναυτίλος, πλοιοκτήτης εξυπηρετούσε. Η σχέση αυτή γίνεται ακόμα περισσότερο σημαντική αν αναλογισθεί κανείς ότι τα «Εθνικά φορτία» αποτελούν ένα πολύ μικρό μέρος του διεθνούς εμπορίου και ότι κατ’ επέκταση είναι αναγκαίο να υπάρχει συνεχής και ουσιαστική επαφή με τη διεθνή αγορά.
Το λιμάνι του Ηρακλείου αποτελεί την κύρια και πιο σύγχρονη πύλη εισόδου επιβατών και εμπορευμάτων στο νησί της Κρήτης. Είναι ένα από τα δέκα ελληνικά λιμάνια εθνικής σημασίας με εξέχουσα γεωγραφική θέση καθώς βρίσκεται στο κέντρο της Νότιο-Ανατολικής Λεκάνης της Μεσογείου, στην συμβολή τριών ηπείρων.
