Η Κόξαρη είναι χωριό με 156 κατοίκους το 2001 και ομώνυμο Δημοτικό διαμέρισμα στο Ηράκλειο Κρήτης, που ανήκει διοικητικά στο Δήμο Χερσονήσου. Το χωριό είναι χτισμένο σε υψόμετρο 180 μ. και απέχει από το Ηράκλειο 23,3 χλμ. και από την Θάλσσα 3χλμ. Είναι κτισμένο στην κατάπρασινη κοιλάδα του ποταμού Καρκανιά.
Αναφέρεται στην επαρχία Πεδιάδος το 1577 από το Fr. Barozzi, σαν Coxari, από τον Καστροφύλακα, το 1583 από το Βασιλικάτα το 1630, στην τουρκική απογραφή του 1671 σαν Koksari, με 42 χαράτσα. Το όνομα του οικισμού προέρχεται από το βυζαντινό επίθετο Κόξαρης.Σε έγγραφο του 1378, του Δουκικού αρχείου του Χάνδακα αναφέρεται ο Costi Coiri, από τα Χανιά. Το χωριό Κόξαρη ήταν φέουδο της οικογένειας Grego, και δόθηκε μέρος απo αυτό, προίκα στην Έλλενα Γρέγκον , που παντρεύτηκε το 1618 τον ποιητή του «Φορτουνάτο» Μάρκο Αντώνιο Φώσκολο.
Κοντά στην Κόξαρη είναι η Μονή της Κερα- Ελεούσας. Η Κόξαρη ανήκε στο Λατινικό Πατριαρχείο της Κωνσταντινούπολης.
