Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Βαπτιστή σώζεται σχεδόν ακέραιος στη συμβολή των οδών Καρτερού και 1821, που σήμερα στεγάζει καταστήματα. Η εκκλησία αναφέρεται και από το Gerola, ο οποίος έκανε την κάτοψή της. Ηταν λατινική εκκλησία του Τάγματος των Φραγκισκανών στην οποία τάφηκαν οι Δούκες Petro Badoer και Petro Emiliani.
Οι Τούρκοι τη μετέτρεψαν σε τ ζαμί του Μαχμούτ Αγά (ή Σεϊτάν Ογλού).Ο ναός ήταν δίκλιτος. Ο ναός μετά την απελευθέρωση από τους Τούρκους έγινε κι αυτός ανταλλάξιμος και πουλήθηκε. Τη δεκαετία του 1930 στέγασε τον πρώτο βουβό κινηματογράφο του Ηρακλείου.
Στο Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο καταστράφηκε ολόκληρο σχεδόν το ανατολικό τμήμα.
