Οι ελληνικές και συμμαχικές δυνάμεις είχαν συνταχθεί σε στρατηγικά σημεία στην περιοχή του Ηρακλείου. Οι ελληνικές δυνάμεις είχαν αναλάβει την προστασία της πόλης του Ηρακλείου, ενώ οι βρετανικές του αεροδρομίου. Ένας λόχος των ελληνικών δυνάμεων βρισκόταν στην περιοχή γύρω από τον Καρτερό, ως στήριγμα του αεροδρομίου των Ρουσών και γύρω από την περιοχή του Κακού όρους Η διάταξη των συμμαχικών δυνάμεων είχε ως εξης: η 14η ταξιαρχία πεζικού είχε το αρχηγείο της στο ανατολικό προάστειο Νέα Αλικαρνασσός, ενώ το 2ο τάγμα της Μαύρης Φρουράς βρισκόταν στην περιοχή του σημερινού αεροδρομίου του Ηρακλείου. Στα "Δύο Αοράκια" ήταν εγκατεστημένο το 2/4 τάγμα των Αυστραλών. Επιπλέον, στη Νέα Αλικαρνασσό υπήρχε μια δύναμη 300 περίπου πυροβολητών. Η διάταξη των δυνάμεων ήταν αποτέλεσμα συννενόησης ελληνικών και αγγλικών στρατευμάτων
Η διάταξη των γερμανικών δυνάμεων την περίοδο 1941-1944 είχε αναπτυχθεί στην περιοχή της Νέας Αλικαρνασσού, καθώς και στις γύρω περιοχές. Υπήρχαν μερικά αεροπλάνα τύπου Ju- 88A-4, Bf-110D-3, Bf-109F-4, Bf-109 F5, Ju-52/3m, τα οποία κρυβόταν μέσα σε καταφύγια ύψους 4μ. Τα καταφύγια αυτά βρίσκονταν δυτικά, κοντά στο δημόσιο δρόμο δίπλα στη Νέα Αλικαρνασσό και στα δυό αοράκια στη βόρεια πλευρά. Όσον αφορά τα πυρομαχικά των γερμανών, αυτά βρίσκονταν σκόρπισμένα. Οι βόμβες βρίσκονταν ανατολικά του Καρτερού δίπλα στο εκκλησάκι του Αγ. Γεωργίου, ενώ τα βλήματα εκρύπτοντο σε αποθήκες στην περιοχή του μέσα Καρτερού και στα δυο αοράκια. Τα καύσιμα, από την άλλη βρίσκονταν στην περιοχή του Καρτερού, μέσα σε ένα ελαιώνα, σε κλίνες προστατευόμενες από αναχώματα, εκτός από μια ποσότητα που ήταν τοποθετημένα σε βαρέλια, όπου φυλάσσονταν στην περιοχή των σημερινών σφαγείων.
Επιπλέον, μεταξύ του σημερινού αεροδρομίου και της ΣΕΑΠ υπήρχαν δύο μεταλλικά υπόστεγα, σε σχήμα ημικυκλικό, όπου σε αυτά υπήρχε δυνατότητα να συντηρηθούν δύο αεροσκάφη ταυτόχρονα. Την αντιαεροπορική προστασία του αεροδρομίου, είχαν αναλάβει δύο πυροβολαρχίες των τεσσάρων πυροβόλων των 88 χιλ. Η μία πυροβολαρχία είχε αναπτυχθεί στο ύψωμα νότια του Αγ. Ιωάννου, ενώ η άλλη ανάμεσα σε ελαιόδεντρα, δυτικά απο το νεκροταφείο της Νέας Αλικαρνασσού. Επίσης, κατά μήκος της παραλίας του Καρτερού και του ποταμού Καρτερού είχαν τοποθετηθεί αντιαρματικές και άλλες νάρκες, σε απόσταση 10μ. από το κύμα, ενώ πολλά οχήματα (τροχοφόρα και ημιερπηστριοφόρα) είχαν στεγαστεί στο χώρο της σημερινής ΣΕΑΠ
20 Μαίου 1941: το απόγευμα της συγκεκριμένης ημέρας έκαναν την εμφάνιση τους τα πρώτα αεροπλάνα στον ουρανό του Ηρακλείου. Ξεκίνησαν τον βομβαρδισμό της πόλης και ευθύς αμέσως άρχισε η ρίψη των αλεξιπτωτιστών ανατολικά και δυτικά του Ηρακλείου. Πιο συγκεκριμένα, το 1ο σύνταγμα αλεξιπτωτιστών υπο τον συνταγματάρχη Μπρόγιερ είχε σκοπό να καταλάβει το αεροδρόμιο των Ρουσσών και την πόλη του Ηρακλείου. Κάποιοι απο τους αλεξιπτωτιστές έπεσαν στους πρόποδες της σημερινής βιομηχανικής περιοχής, στο σημείο όπου υπήρχε καταυλισμός των Άγγλων, με αποτέλεσμα σχεδόν όλοι να σφαγιαστούν. Επιπλέον, μια ομάδα αλεξιπτωτιστών έπεσε στη θέση "Δυο Αοράκια", ενώ μία άλλη στην περιοχή, όπου βρίσκεται σήμερα το 1ο δημοτικό σχολείο της Νέας Αλικαρνασσού. Στόχος τους ήταν να περικυκλώσουν το αεροδρόμιο και να καταλάβουν την περιοχή της Νέας Αλικαρνασσού (Μαρτυρία Εμμανουήλ Δεδελετάκη). Οι κάτοικοι της περιοχής, στο πλευρό των ελληνικών και συμμαχικών δυνάμεων αποτέλεσαν σημαντικό παράγοντα αντίστασης στους επιτιθέμενους κατακτητές.
Μετά απο μία εβδόμαδα μαχών, οι γερμανικές δυνάμεις, ενωμένες πλέον, αποφασίζουν την 29η Μαίου να πραγματοποιηθεί η τελική επίθεση προς κατάληψη του αεροδρομίου και της ευρύτερης περιοχής. Την προηγούμενη νύχτα οι Βρετανοί, ύστερα από απόφαση εκκενώσεως του Ηρακλείου από τα βρετανικά τμήματα, αναχωρούν χωρίς να ειδοποιηθούν οι ελληνικές δυνάμεις. Ο ελληνικός στρατός διαλύθηκε, όμως οι απώλειες του εχθρού ήταν πράγματι μεγάλες. Στην περιοχή του Ηρακλείου μόνο, κατά τις πρώτες ημέρες, από τα στοιχεία που μας διασώζονται, περί τους 1300 αλεξιπτωτιστές εφονεύθησαν4. Ο επίλογος γράφτηκε την 31η Μαίου 1941 με την πλήρη επικράτηση των γερμανικών δυνάμεων στο νησί.
Με τη μάχη της Κρήτης ολοκληρώνεται η κατάληψη της Ελλάδος απο τις δυνάμεις του Άξονα. Κατα τη διάρκεια της, πραγματοποιήθηκε η μεγαλύτερη εναέρια απόβαση Γερμανών Αλεξιπτωτιστών. Ο κρητικός λαός προκαλεί την καταστροφή επίλεκτων γερμανικών δυνάμεων. Είναι χαρακτηριστικό οτι κατά τη διάρκεια του πολέμου δεν επιχειρήθηκε ποτέ ξανά απο τις γερμανικές δυνάμεις απόβαση απο αέρος. Η μάχη της Κρήτης είναι υψίστης σημασίας διότι στον αγώνα ενάντια στον εχθρό "ρίχτηκαν" εκτός από τα στρατιωτικά σώματα, σύσσωμος ο πληθυσμός του νησιού. Η κατοχή ξεκινούσε...
Αεροδρόμιο Ηρακλείου, νύχτα 13ης προς 14η Ιουνίου 1942
Ο συνταγματάρχης Μπρόγιερ με τις δυνάμεις του κατέλαβε το αεροδρόμιο του Ηρακλείου στις 30 Μαίου 1941 και αμέσως τα αεροπλάνα άρχισαν τη μεταφορά εφοδίων. Στην Αφρική, ωστόσο, ο γερμανός στρατάρχης Ρόμμελ, σχεδίαζε την κατάληψη του Σουέζ. Για να επιτευχθεί αυτό ήταν απαραίτητη η βοήθεια τόσο σε καύσιμα και πυρομαχικά, όσο σε τρόφιμα και νερό. Για το σκοπό αυτό ήταν αναγκαία η χρησιμοποίηση του αεροδρομίου των Ρουσσών ως ενδιάμεσος σταθμός μεταξύ των αεροδρομίων της ηπειρωτικής Ελλάδας και εκείνων της Αφρικής.
Το 1942 το αεροδρόμιο Ηρακλείου είχε εξελιχθεί σ' ένα απο τα πιο οργανωμένα αεροδρόμια της εποχής, και αυτό χάρη στην καταναγκαστική εργασία (αγγαρείες), την οποία επέβαλαν οι κατακτητές στους κατοίκους των γύρω περιοχών. Ακόμη και σήμερα, πολλοί ηλικιωμένοι κάτοικοι θυμούνται τις εργασίες που παρείχαν στο αεροδρόμιο, όπως τη μεταφορά κανίστρων νερού (νερουλάδες) και τη φόρτωση τους στα αεροσκάφη που είχαν προορισμό την Αφρική, την επισκευή των διαδρόμων προσγείωσης. Σύμφωνα με την μαρτυρία του Εμμανουήλ Δεδελετάκη, ο οποίος κατά την περίοδο της κατοχής εργαζόταν στις αγγαρείες στο αεροδρόμιο του Ηρακλείου, η κατοχή ήταν μια σκληρή περίοδος. Οι άνθρωποι είχαν συνηθίσει να ζουν με τον πόλεμο και με το φόβο από τη ρίψη των βομβών. Αναφέρει ο Ε. Δεδελετάκης "οι αγγαρείες στο αεροδρόμιο μας υποχρέωναν να είμαστε αρκετές ώρες εκεί, με το φόβο πάντα μιας αεροπορικής επιδρομής. Είχαμε βέβαια συνηθίσει να περνάνε οι βόμβες από δίπλα μας και από το σφύριγμα τους, καταλαβαίναμε αν ήταν κοντά μας ή όχι. Σε μια τέτοια κατάσταση, το μόνο που μας έμενε να κάνουμε ήταν να πέσουμε στο έδαφός. Είχαμε πλέον πειστεί πως για σε σκοτώσει αρκούσε να πέσει η βόμβα ακριβώς επάνω σου..."
Οι συμμαχικές δυνάμεις, για να ανακόψουν την προέλαση του Ρόμμελ στην Αφρική, αποφασίζουν την καταστροφή των αεροδρομίων της Κρήτης. Συγκεκριμένα, για το αεροδρόμιο Ηρακλείου επιλέχθηκαν έξι άνδρες της SAS "Special Air Service" (Ειδικής Εναέριας Υπηρεσίας),στόχος των οποίων ήταν η καταστροφή αποθηκών, που περιείχαν πολεμοφόδια και καύσιμα. Η ομάδα αποτελούνταν απο τους:
- G. Berge (Μπερζέ)
- Lord George Jellice (Λόρδος Τζέλικο)
- J. Mouhot (Μουό)
- P. Leostic (Λεοστίκ)
- J. L. Sibart (Σιμπάρ)
- Κ. Πετράκης5
Το σαμποτάζ αρχικά είχε οριστεί τη νύχτα της 7ης προς 8η Ιουνίου, όμως αναβλήθηκε καθώς το ελληνικό υποβρύχιο "Τρίτων", που είχε αναλάβει τη μεταφορά των σαμποτέρ, έφτασε στις ακτές του κόλπου των Μαλίων την 11η Ιουνίου. Η ομάδα έφτασε στο αεροδρόμιο Ηρακλείου αργά τη νύχτα της 12ης Ιουνίου, ανέβαλε όμως το εγχείρημα της λόγω της απρόβλεπτης εμφάνισης ενός γερμανού σκοπού, που περιπολούσε.
Την επόμενη νύχτα, αφού οι σαμποτέρ κατάφεραν να εισχωρήσουν στον χώρο του αεροδρομίου, διαπιστώνουν πως τα αεροπλάνα βρίσκονται συγκεντρωμένα στο νοτιοανατολικό άκρο της πίστας, ενώ οι αποθήκες στην άλλη άκρη. Τοποθετούν, λοιπόν, εκρηκτικά στην αριστερή πτέρυγα κάθε αεροπλάνου. Εκρηκτικά επίσης τοποθετήθηκαν στο χώρο όπου υπήρχαν βόμβες των γερμανικών αεροπλάνων και σ' ένα κτίριο που στεγάζονταν μηχανήματα και γεννήτριες. Η έκρηξη είχε οριστεί μετά απο δύο ώρες. Στο μεταξύ, οι σύμμαχοι ξεκινούν βομβαρδισμό του χώρου του αεροδρομίου, ως αντιπερισπασμό, για να καλυφθούν οι σαμποτέρ και να αποφευχθούν αντίποινα σε βάρος του κρητικού λαού. Η επιχείρηση είχε στεφθεί με απόλυτη επιτυχία...οι σαμποτέρ κατευθύνονται προς τις νότιες περιοχές της Κρήτης.
Κοντά στην περιοχή Βασιλικά Ανώγεια, οι τέσσερις απο τους έξι σαμποτέρ (Μπερζέ, Μουό, Λεοστίκ, Σιμπάρ) πιάστηκαν αιχμάλωτοι απο τους Γερμανούς, οι οποίοι είχαν ειδοποιηθεί από ένα ντόπιο καταδότη, ενώ παράλληλα ο Πετράκης και ο Λόρδος Τζέλικο είχαν αναλάβει να ενημερωθούν για την ακριβή ώρα και τοποθεσία της επιστροφής. Στη συμπλοκή, που ακολούθησε ο Λεοστίκ πέφτει νεκρός από τα γερμανικά πυρά, μόλις στα 17 του χρόνια. Σύμφωνα με το σχέδιο ο Λόρδος Τζέλικο και ο υπολοχαγός Πετράκης, αφού μάταια περίμεναν τους συντρόφους τους, επέστρεψαν στην Αλεξάνδρεια πάνω σε μια Vedette(Είδος πλοίου). Οι ανακρίσεις και τα κρατητήρια έγιναν στο χώρο της σημερινής Σ.Ε.Α.Π. Μετά το πέρας των ανακρίσεων οι κρατούμενοι μεταφέρθησαν σε στρατόπεδα συγκέντρωσης στη Γερμανία.
Ως αντίποινα για το σαμποτάζ του αεροδρομίου, οι Γερμανοί ιθύνοντες αποφάσισαν την επομένη (14η Ιουνίου) να εκτελέσουν 50 από τους 62 μάρτυρες, που ήταν όλοι επιφανείς Ηρακλειώτες, στην περιοχή "Ξηροποτάμου" Ηρακλείου. Ωστόσο, η σημασία του σαμποτάζ ήταν καθοριστική, καθώς αποτέλεσε βασικό πλήγμα εναντίον των γερμανικών δυνάμεων. Πρόκειται για ένα από τα πρώτα σαμποτάζ στον ελλαδικό χώρο και μια από τις πιο γνωστές σελίδες της παγκόσμιας ιστορίας6.
Τελικά, η περίοδος της κατοχής λήγει για το Ηράκλειο (όπως και για τους υπόλοιπους νομούς, εκτός της πόλης των Χανίων) με την αποχώρηση των περισσότερων γερμανικών δυνάμεων στις 11 Οκτωβρίου 1944. Οι Γερμανοί, κατά την απόμακρυνση τους, καταστρέφουν ο,τι οι ίδιοι έχουν κατασκευάσει στο αεροδρόμιο Ηρακλείου, παραιτούνται από τους Στρατώνες, τις φυλακές και εγκαταλείπουν τα δημοτικά σφαγεία και το κτίριο του ασυρμάτου στη Νέα Αλικαρνασσό7. Μετά τη γερμανική κατοχή, η Νέα Αλικαρνασσός δε θυμίζει σε τίποτα το γνώστό προάστειο του Ηρακλείου. Μια περίοδος ανάκαμψης και ανοικοδόμησης αρχίζει για τη Νέα Αλικαρνασσό...
Πεσόντες Αλικαρνασσείς κατά την περίοδο 1940-1945:
- Βαρδαξής Απόστολος Π.
- Βαρδαξής Απόστολος Μ.
- Μπαλαλής Σταύρος Γ.
- Τσολάκης Γεώργιος Κ.
- Πασαδάκης Παναγιώτης Ν.
- Κυπραίος Κωνσταντίνος Μ.
- Σκαρλάφτης Ιωάννης Α.
- Μωραϊτης Μιχαήλ Δ.
- Κακεπάκης Εμμανουήλ Σ.
- Πεσόντες Αλικαρνασσείς
- κατά την περίοδο 1945-1949
- Μπαλαλής Νίκος Κ.
- Κοτζας Ελευθέριος Θ.
- Τσιμισίρης Ελευθέριος Κ.
- Κουτέλας Εμμανουήλ Μ.
- Σαρμάς Σταμάτιος Αλ.