Η πρώτη επίσημη αναφορά του χωριού γίνεται σε έγγραφο του 1248 με την ονομασία Limene. Στο έγγραφο αυτό της πρώτης βενετικής περιόδου αναφέρεται ότι το μισό χωριό αποδίδει σε φόρους 33 υπέρπυρα.
Το 1577 αναφέρεται το χωριό Λίμνες στην επαρχία Μεραμπέλου από τον Βενετό μηχανικό Φραγκίσκο Μπαρότση και στην απογραφή του Πέτρου Καστροφύλακα το 1583 είχε 587 κατοίκους. Οι Λίμνες ήταν ένα από τα μεγάλα χωριά της επαρχίας Μεραμπέλου την περίοδο εκείνη σε σχέση με τον συνολικό πληθυσμό.
Στην απογραφή που έκαναν οι τούρκοι το 1671 το χωριό αναφέρεται με την ονομασία Limyez με 78 χαράτσα. Τους κεφαλικούς δηλαδή φόρους που επέβαλαν οι Τούρκοι στους Κρητικούς, από τους οποίους εξαιρούσαν τους κληρικούς, τους ανάπηρους και τα παιδιά. Το 1874, στη διάρκεια της Αιγυπτιακής κατοχής της Κρήτης που διήρκεσε από το 1830 μέχρι το 1840, οι Λίμνες αναφέρονται μαζί με τα άλλα χωριά της περιοχής με την ονομασία Lemnes με 80 κρητικές και 80 τουρκικές οικογένειες.
Εκείνη την περίοδο οι περισσότεροι Τούρκοι κατοικούσαν στο Χουμεριάκο.
Το 1881 οι Λίμνες υπάγονται διοικητικά στο Δήμο Χουμεριάκου και είχαν 796 κατοίκους μαζί με τα μετόχια που βρίσκονταν στα ανατολικά του χωριού και από το 1920 αποτέλεσαν έδρα της ομώνυμης κοινότητας.
ΠΗΓΗ ΣΤΟΙΧΕΙΩΝ - http://limneslasithiou.blogspot.gr/2011/06/blog-post.html
ΦΩΤΟΓΡΑΦΙΕΣ - ΑΝΤΩΝΗΣ ΓΕΝΝΑΡΑΚΗΣ
