Γεννήθηκε στο Καρύδι της Σητείας περί το 1870. Τα πρώτα γράμματα έμαθε στο χωριό του και εν συνεχεία στη Μονή Τοπλού και στο δημοτικό σχολείο Παλαικάστρου. Συνέχισε στο Ελληνικό Σχολείο Σητείας με διευθυντή τον Αγγελάκη και εν συνεχεία στο Γυμνάσιο Νεάπολης. Το σχολικό έτος 1889-1890 διετέλεσε δάσκαλος στο χωριό του, ενώ το 1892 αποφοίτησε από το Γυμνάσιο για να υπηρετήσει δημοδιδάσκαλος και Ελληνοδιδάσκαλος μέχρι την εποχή της επανάστασης του 1897.
Εκεί, ανέλαβε οπλαρχηγός και φέρεται να έχει ευθύνη για τη σφαγή των Τούρκων στην Ετιά, παρά τη δική του εκδοχή ότι απουσίαζε από το συμβάν. Τραυματίστηκε κατά την επανάσταση αποκτώντας πρόβλημα στην ακοή, που τον ανάγκασε να παραιτηθεί από το διδασκαλικό επάγγελμα και να εργαστεί ως λογιστής της Ανώτατης Διεύθυνσης Παιδείας της Κρήτης (1907-1910), γραμματέας της Διεθνούς Επιτροπής Αποζημιώσεων (1912-1915), ελεγκτής των Ιερών Μονών και Οργανωτής του Ιστορικού Αρχείου Κρήτης, του οποίου υπήρξε και ο πρώτος διευθυντής.
Παρά το γεγονός ότι ο Νικόλαος Παπαδάκης δεν ήταν ο ικανότερος για να αναλάβει αυτή τη θέση, όλοι αναγνωρίζουν ότι άνευ της παρουσίας του δε θα μποροούσε να υπάρξει ιστορικό αρχείο στην Κρήτη. Σημαντικότερο έργο του είναι: «Ο Ιεροσητείας Αμβρόσιος»αλλά και το «Η Σητεία κατά τας Κρητικάς επαναστάσεις 1896-1898», «Από λιμένος Σητείας εις Μονήν Καψά 1895» και η βιογραφία του Ιωσήφ Γεροντογιάννη. Το σύνολο του έργου του βασίστηκε στο αρχειακό του υλικό, το οποίο και παραθέτει πολλές φορές άνευ κριτικής. Πέθανε στο δημοτικό νοσοκομείο Χανίων το 1941
