Ο ιδιαίτερα επιμήκης ναός της Παναγίας στον παλαιό πυρήνα της πόλης του Αγίου Νικολάου, είναι αποτέλεσμα δύο διαδοχικών επεκτάσεων προς τα δυτικά του αρχικού μονόχωρου καμαροσκέπαστου ναού. Ο αρχικός ναός και η πρώτη επέκτασή του φέρουν δύο στρώματα τοιχογραφιών, από τα οποία το παλαιότερο των πρώτων δεκαετιών του 14ου αι. εντοπίζεται κυρίως στο ανατολικό τμήμα με σκηνές από τον χριστολογικό και τον μαριολογικό κύκλο.
Το δεύτερο στρώμα, ενδεικτικό της λεγόμενης ακαδημαϊκής τεχνοτροπίας, του β΄ μισού του 14ου αι., εντοπίζεται μόνο στην καμάρα του δυτικότερου τμήματος του ναού, αφού φαίνεται ότι δεν κάλυψε το πρώτο στρώμα στα κατώτερα τμήματα των πλευρικών τοίχων. Χαρακτηριστική ένδειξη της εκτέλεσης δύο διαφορετικών στρωμάτων τοιχογραφιών αποτελεί η δύο φορές σωζόμενη σκηνή της Βαϊοφόρου στον βόρειο αλλά και στον νότιο τοίχο.
Η απεικόνιση μόνο μοναστών αγίων στη χαμηλή ζώνη του βόρειου τοίχου, πιθανόν υποδεικνύει, όπως έχει υποστηριχθεί, την αρχική χρήση του ναού ως καθολικό μονής. Η τελευταία επέκταση του ναού, το δυτικό του τμήμα, εν είδει νάρθηκα, δεν είναι τοιχογραφημένο αλλά φέρει στον βόρειο τοίχο ένα ταφικό μνημείο-αρκοσόλιο, υπερυψωμένο και στηριζόμενο σε κιλλίβαντες. Σύμφωνα με την εγχάρακτη επιγραφή του κατασκευάστηκε το 1602 για τον νεαρό γιο του καστελλάνου της πόλης του Ηρακλείου, Laurentius Malipetri.
