Το λιμάνι του Αγίου Νικολάου δεν εξυπηρετεί πλέον προγραμματισμένα ακτοπλοϊκά δρομολόγια. Έτσι, ο Άγιος Νικόλαος, όπως και τα Χανιά έχει καταφέρει να διατηρήσει ανέπαφο το κοσμοπολίτικο στοιχείο χωρίς τη βουή των αλλεπάλληλων πλοίων που θα έμπαιναν και θα έβγαιναν από το λιμάνι. Στον Άγιο Νικόλαο μπορείτε λοιπόν να φτάσετε μέσω του Ηρακλείου.
Η ιστορία του Αγίου Νικολάου έχει σημαδευτεί από το λιμάνι του. Στην περιοχήΑμμούδι, ήταν και είναι το εμπορικό λιμάνι της πόλης.
Επιλέχτηκε αυτή η τοποθεσία για να φτιαχτεί ένα σημαντικό λιμάνι για την Ανατολική Κρήτη, γιατί οι νησίδες των Αγίων Πάντων μπροστά από αυτό πρόσφεραν καλύτερη άμυνα απέναντι σε πιθανούς εισβολείς και σημαντική προστασία από τους βορειοδυτικούς ανέμους, που μπορεί να είναι αρκετά ισχυροί.
Στην Ενετοκρατία το λιμάνι του Αγιου Νικολάου χωρούσε 25 γαλέρες, έναν αρκετά μεγάλο αριθμό για την εποχή, και ικανοποιούσε τις ανάγκες της Ανατολικής Κρήτης, ενώ σήμερα από εδώ μποείτε να ταξιδέψετε προς Πειραιά και διάφορα νησιά.
Τα δύο νησάκια Αγιοι Πάντες, οι φυσικοί κυματοθραύστες του λιμανιού, σήμερα φιλοξενούν λιγοστούς Κρητικούς Αίγαγρους, που απειλούνται με εξαφάνιση.
Η μαρίνα του Αγίου Νικολάου βρίσκεται στο κέντρο της πόλης. Από εκεί έχετε άμεση πρόσβαση σε όλους τους αρχαιολογικούς χώρους. Είναι κατασκευασμένη κατά τα ευρωπαϊκά πρότυπα και είναι ο τόπος, όπου διοργανώνονται οι Διεθνείς Ιστιοπλοϊκοί Αγώνες. Πέρα από τις μοναδικές για την φυσική ομορφιά και καθαρότητα παραλίες της περιοχής υπάρχει μια πληθώρα επιλογών για εξορμήσεις.
