Στα άδυτα των υπογείων του Αγίου Μηνά , εκεί όπου δεν πάτησε ανθρώπινο πόδι από το 1911, κατεβηκανν το έτος 2013 οι αρχαιολόγοι με τη συνδρομή της ΕΜΑΚ προκειμένου να εξερευνήσουν το χώρο και να αποφανθούν εάν και πως μπορεί ο χώρος αυτός να αξιοποιηθεί.
Την αποκάλυψη για τα σχέδια αυτά είχε κάνει στο Ράδιο Κρήτη και στο δημοσιογράφο Νίκο Ψιλάκη ο εφημέριος Μανόλης Σταυρουλάκης εξηγώντας πως κατά το παρελθόν στο υπόγειο του Αγίου Μηνά συλλέγονταν το νερό της βροχής και από εκεί μέσω Αγίας Αικατερίνης υδρεύονταν το Ηράκλειο του μεσοπολέμου. Από έγγραφο της 1ης Απριλίου του 1911 προκύπτει πως ισχυρός σεισμός είχε προκαλέσει πρόβλημα σε αυτή την υπόγεια δεξαμενή του ναού .
Όπως είπε ο Πατήρ Σταυρουλάκης, κάτω από την Αγία Τράπεζα του Αγίου Μηνά υπάρχουν τα οστά μητροπολιτών . Μια σκέψη λοιπόν είναι να γίνουν λάρνακες στο υπόγειο και να μεταφερθούν εκεί . Επειδή όμως ο χώρος είναι μεγάλος θα εξεταστούν και άλλες μορφές αξιοποίησης του ώστε να μπορεί να γίνει –γιατί όχι-επισκέψιμος.
