Η Ιερά Μονή Αγίας Σοφίας Αρμένων δεσπόζει στο οροπέδιο των Αρμενοχανδράδων. Είναι άγνωστα το ακριβές έτος ιδρύσεως και ο κτήτορας του μοναστηριού. Μία επιγραφή του 1634, που προερχόταν από την κεντρική πύλη της Μονής και πιθανότατα αφορά το έτος ανακαίνισης της, μαρτυρεί τη λειτουργία της κατά την τελευταία περίοδο της Ενετοκρατίας. Είναι πολύ πιθανό να προϋπήρχε στην ίδια θέση μοναστήρι, το οποίο ανακαινίσθηκε και επεκτάθηκε κατά τον 17ο αιώνα, οπότε παρατηρήθηκε και η αύξηση της επάνδρωσης των Μονών της Κρήτης.
Η εκδοχή αυτή επιβεβαιώνεται και από τη ναοδομία της Αγίας Σοφίας (Βασιλική), η οποία είναι κτισμένη σε δύο διαφορετικές περιόδους. Αρχικά κτίσθηκε το ανατολικό τμήμα του Ναού, ενώ τα αρχιτεκτονικά στοιχεία του δυτικού κλίτους παραπέμπουν σε κτίσματα ναών των αρχών του 17ου αι.ώνα.
Συνεπώς η Μονή συγκαταλέγεται σ' αυτά τα μοναστήρια που ιδρύθηκαν στην Κρήτη πριν την κατοχή της από τους Τούρκους (το 1669). Αρχικά το μοναστήρι ήταν φρουριακού τύπου, με κέντρο του κτηριακού συγκροτήματος το καθολικό της Μονής. Τα ερείπια που διασώζονται σήμερα είναι τμήματα των κτηρίων που αναστηλώθηκαν κατά το δεύτερο μισό του 19ου αι.
Η Μονή της Αγίας Σοφίας αποτέλεσε τη θερινή κατοικία των τοπικών Επισκόπων. Επίσημα μαρτυρούνται οι Επίσκοποι Ιεράς Μελέτιος Τριβιζάς το 1701 και Ιεροσητείας Γρηγόριος Παπαδοπετράκης το 1880. Επίσης, υπάρχει η παράδοση ότι εκεί αποσύρονταν στα τελευταία χρόνια της ζωής τους και εφησύχαζαν οι Επίσκοποι της επαρχίας.
Με τη Μονή της Αγίας Σοφίας συνδέθηκε στενά ο τοπικός Άγιος μας, ο Όσιος Ιωσήφ ο Γεροντογιάννης, ο οποίος, μαζί με τη συνοδεία του κατέφυγε στο έρημο τότε Μοναστήρι το 1866, λόγω της τριετούς Επαναστάσεως των Κρητών (1866-1869). Η παρακμή της Μονής οφειλόταν στην λεηλάτηση της περιουσίας της από τους Τούρκους κατακτητές. Ο Όσιος Ιωσήφ ο Γεροντογιάννης επισκεύασε πολλά κελλιά και ανακαίνισε τμήμα των ερειπωμένων κτηρίων. Η Μονή αναζωογονήθηκε με την εγκατάσταση των Μοναχών της Μονής Καψά, την εποπτεία της οποίας διατηρούσε ο κτήτοράς της Γεροντογιάννης. Η περιουσία που είχε απομείνει στη Μονή καλλιεργήθηκε και αξιοποιήθηκε στο έπακρο, ενώ αγοράστηκαν και άλλα κτήματα. Σύντομα η Αγία Σοφία κατέστη πολυσύχναστο καταφύγιο των πιστών της επαρχίας Σητείας αλλά και άλλων περιοχών της Μεγαλονήσου. Οι διαβολές, όμως, ορισμένων κατοίκων της περιοχής προς τον τότε Επίσκοπο Ιεράς και Σητείας Νεόφυτο, οδήγησαν στην εκδίωξη και επιστροφή του Οσίου Γεροντογιάννη το 1870 στον Καψά και στην εκ νέου ερήμωση της Μονής.
Η Μονή Αγίας Σοφίας εισέρχεται σε νέα φάση με την απόφαση των κατοίκων της ευρύτερης περιοχής να ιδρυθεί και να λειτουργήσει (από το 1870) σχολείο στις ερειπωμένες εγκαταστάσεις της, ύστερα από την σχετική άδεια των Τούρκων κατακτητών και με τη φροντίδα της Χριστιανικής Δημογεροντίας Λασιθίου. Το σχολείο άκμασε με διευθυντή τον Γεώργιο Λόγιο, οπότε αριθμούσε περισσότερους από εκατό μαθητές.
Όταν έκλεισε το σχολείο της Αγίας Σοφίας μετατέθηκε εκεί από τη Μονή Καψά ο Ιερομόναχος Γεννάδιος Μυτάκης, ο οποίος αναστήλωσε τις εγκαταστάσεις της (το 1884-1885). Τελευταίος, ύστερα από απόφαση του Επισκόπου Ιεράς και Σητείας Αμβροσίου για να μην ερημώσει ξανά το μοναστήρι, μόνασε στη Μονή της Αγίας Σοφίας (από το 1897) ο π. Ιωαννίκιος Τσαρδινάκης, αδελφός της Ι. Μονής Τοπλού, που νωρίτερα διέμενε στην Ι. Μονή Καψά. Ο ίδιος Επίσκοπος, λίγο πριν τη διάλυση της Μονής, χειροτόνησε Πρεσβύτερο τον μοναχό Αγάπιο, ο οποίος είχε διατελέσει αναγνώστης και διάκονος στο μοναστήρι.
Ένα άτυχο περιστατικό που έλαβε χώρα τον Ιανουάριο του 1897 συνδέθηκε με το μοναστήρι της Αγίας Σοφίας. Οι επαναστατημένοι Κρήτες είχαν οδηγήσει στη Μονή τους Οθωμανούς που είχαν συλλάβει στον οικισμό Ετιά. Ξαφνικά διαδόθηκε ότι οι Τούρκοι της Σητείας συνέλαβαν και εκτέλεσαν τους χριστιανούς πρόκριτους, ανάμεσα στους οποίους ήταν και δύο από τους Αρμένους. Η είδηση αναστάτωσε τους ντόπιους χριστιανούς, οι οποίοι ως αντίποινα συνέλαβαν και εκτέλεσαν όλους σχεδόν τους Οθωμανούς της Ετιάς. Η ενέργεια αυτή δημιούργησε μεγάλη αναστάτωση και ένταση σε όλη την επαρχία Σητείας το τελευταίο διάστημα της παρουσίας των Τούρκων στην Κρήτη.
Με τον Καταστατικό Χάρτη της Εκκλησίας της Κρήτης, επί Κρητικής Πολιτείας το 1900, η Μονή κρίθηκε διαλυτέα και ο τότε Ιερομόναχός της Ιωαννίκιος ανακλήθηκε στη Μονή της μετανοίας του, την Ιερά Πατριαρχική Μονή Παναγίας Ακρωτηριανής και Αγίου Ιωάννου Θεολόγου Τοπλού, της οποίας παράρτημα (Μετόχι) έγινε η Μονή της Αγίας Σοφίας. Η περιουσία της Μονής εκμισθώνονταν από την αρμόδια Μοναστηριακή Επιτροπεία Λασιθίου, η οποία τελικά το 1911 έκανε δεκτό το αίτημα της Ενοριακής Επιτροπείας Αρμένων και παραχώρησε την Αγία Σοφία και τα περιουσιακά της στοιχεία στην Ενορία Αρμένων, όπου και υπάγεται έως και σήμερα.
Ας παρακολουθήσουμε, όμως, την αναλυτική πορεία της Μονής μέσα στο πέρασμα των αιώνων, όπως την κατέγραψε από την Αθήνα ο Αρμενιώτης δικηγόρος και ιστοριοδίφης Εμμ. Αγγελάκης τον Μάρτιο του 1932 και δημοσιεύθηκε στο περιοδικό «ΜΥΣΩΝ», τομ. Α´, σελ. 79-88. Για να γίνει κατανοητή από όλους τους αναγνώστες έγινε η απαραίτητη μεταγλώτισση.
Η Μονή της Αγίας Σοφίας είναι κτισμένη πάνω σε χαμηλό λόφο στη δυτική πλευρά του οροπεδίου των Αρμενοχανδράδων, όπως είναι γνωστό το οροπέδιο αυτό από τα μεγάλα χωριά που βρίσκονται σ? αυτό, των Αρμένων και του Χανδρά, και κοντά στο χωριό Ετιά, από το οποίο απέχει περίπου ένα χιλιόμετρο.
Σχετικά με την ιστορία της Μονής, το χρόνο της ιδρύσεώς της και τον ιδρυτή της έχομε ελάχιστες πληροφορίες, και αυτές προέρχονται κατά το πλείστον από παραδόσεις. Κανένας από όσους περιηγήθηκαν στη Σητεία δεν έγραψε κάτι για αυτή, από όσα γνωρίζομε, παρότι, όπως φαίνεται από τα υπάρχοντα ερείπια, η Μονή δεν ήταν ασήμαντη. Κατά τη γνώμη μου η παράλειψη αυτή προήλθε από το γεγονός ότι η Μονή κατά τις περιηγήσεις του Buondelmonti , το 1415, δεν υπήρχε και κατά την περιήγηση του Fram Cornelius , ο οποίος έγραψε την Cretam sacram (ιεράν Κρήτην) και αυτών που ακολούθησαν η Μονή ήταν καταστραμμένη.
Η έρευνα εντός και εκτός του ναού και της περιοχής της Μονής δεν απέδωσε κάποιο άλλο ασφαλές στοιχείο για την ιστορία της, εκτός από τη χρονολογία 1634, η οποία είναι χαραγμένη πάνω σε λίθο κατεργασμένο, που ανήκει στην παλαιά κατεστραμμένη πόρτα της αυλής της Μονής, την οποία ανακαίνισε κατά το 1884 ο τότε ηγούμενος αυτής Γεννάδιος, που και τοποθέτησε το λίθο στη θέση του.
Δεν μπορούμε όμως να δεχθούμε ότι η εν λόγω χρονολογία αποτελεί τον χρόνο ιδρύσεως της Μονής. Θα δεχθούμε μόνο ότι κατά το χρόνο αυτό ανακαινίσθηκε, αφού είχε καταστραφεί όχι πριν από πολύ καιρό, όπως θα αναφέρουμε παρακάτω.
Αλλά τότε πότε ιδρύθη η Μονή; Υπάρχουν παραδόσεις, που διασώζονται μέχρι σήμερα, σύμφωνα με τις οποίες υπήρξαν τρεις αδελφοί, από τους οποίους ο ένας έκτισε την Μονή της Παναγίας Ακρωτηριανής (Τοπλού), ο άλλος το μέγαρο (σεράγιο) στο χωριό Ετιά και ο τρίτος την Μονή που αναφερόμαστε και η οποία Μονή απέκτησε μεγάλες περιουσίες, τις οποίες οι Τούρκοι κατακτητές άρπαξαν, εκτός από λίγα χωράφια γύρω από τη Μονή.
Οι παραδόσεις αυτές δεν αποτελούν επαρκή στοιχεία, ώστε πάνω σ? αυτό να στηρίξουμε αναμφισβήτητα ιστορικά πορίσματα. Οι παραδόσεις είναι από τις πηγές των ιστορικών γεγονότων, αλλά όταν αυτές στηρίζονται και πάνω σε άλλα, αν όχι ασφαλή, όμως πιθανά τεκμήρια.
Ωστόσο, επειδή στερούμαστε άλλα στοιχεία, είμαστε υποχρεωμένοι να πάρουμε ως αφετηρία τις παραδόσεις αυτές και να προχωρήσομε ψηλαφώντας, για να βρούμε έμμεσα πιθανά τεκμήρια για πιθανή λύση.
Ας δεχθούμε λοιπόν ότι η Μονή αυτή ιδρύθηκε ταυτόχρονα με το ενετικό μέγαρο στην Ετιά. Τη χρονολογία της κτίσεως του μεγάρου δεν μπορέσαμε να τη βρούμε πουθενά, είτε εντός είτε εκτός αυτού. Ο Άγγλος ναύαρχος Spratt στις περιηγήσεις του κάνει σύντομη περιγραφή του μεγάρου· δεν αναφέρει όμως τίποτα για τον χρόνο ανοικοδομήσεώς του, ούτε και αναφέρει το όνομα του ιδιοκτήτου· αναφέρει μόνο ότι η έπαυλη αυτή κτίσθηκε από κάποιο πλούσιο, αν όχι ευγενή Ενετό.
Από τον Ιταλό διδάκτορα Giuseppe Gerola μαθαίνουμε το επώνυμο του ιδιοκτήτη της έπαυλης, ο οποίος ονομάζεται Mezzo . Λαμβάνοντας ως μόνο στοιχείο το επώνυμο του κτήτορα Mezzo , μπορούμε να κρίνουμε για τον χρόνο της ανοικοδόμησης της έπαυλης, στηρίζοντας τις εικασίες μας πάνω στο μόνο γνωστό τεκμήριο.
Το όνομα Μέτζος βρίσκουμε στο γενεαλογικό πίνακα της μεγάλης και αρχοντικής οικογένειας των Κορνάρων, η οποία, μετακόμισε από το νησί Κάρπαθος, εγκαταστάθηκε στη Σητεία και το Ηράκλειο στο τέλος του 13ου αι.. Σύμφωνα με τον πίνακα αυτό, ο οποίος συντάχθηκε από τους γενεαλόγους, αρχικά από τον Fr . Barbaro , Ενετό, ύστερα από τον Muazzo , Ενετοκρητικό, γίνεται γνωστό ότι στη Σητεία άκμασαν με το όνομα αυτό τρεις ευγενείς Ενετοί: ο χωρίς όνομα Μέτζος, ο οποίος έδρασε κατά τον 15ο αι. και του οποίου τη θυγατέρα Σεμνή νυμφεύθηκε ο Φραγκίσκος Κορνάρος, ο οποίος γεννήθηκε το 1464, οι άλλοι δύο Ιωάννης Μέτζος, του οποίου η θυγατέρα Ζαμπέτα νυμφεύθηκε ο εγγονός του Φραγκίσκου Γιακουμής Κορνάρος, ο οποίος γράφτηκε στους ευγενείς στις 28 Δεκεμβρίου 1535 και ο Μάρκος Μέτζος, του οποίου τη θυγατέρα νυμφεύθηκε ο Βερνάρδος Κορνάρος κατά το τέλος του 13ου αι.
Έχοντας υπόψη τον εν λόγω πίνακα μπορούμε να δεχθούμε ότι ο πρώτος Μέτζος υπήρξε πρόγονος των δύο επομένων. Οι αναφερόμενες στον πίνακα χρονολογίες επιδέχονται μία τέτοια ερμηνεία. Επομένως πρέπει να δεχθούμε χωρίς κανένα δισταγμό ότι ο ιδρυτής της έπαυλης και ιδιοκτήτης της υπήρξε ο πρώτος Μέτζος, ο οποίος έδρασε κατά το δεύτερο η και λίγο νωρίτερα του 15ου αι. Συνεπώς ο χρόνος ανεγέρσεως του μεγάρου μπορεί να οριστεί η περίοδος από το 1450 έως το έτος 1500.
Εάν γίνει δεκτό ότι η συγκεκριμένη παράδοση δεν είναι απλός θρύλος, είμαστε υποχρεωμένοι να δεχθούμε ότι ο χρόνος ανεγέρσεως της Μονής Αγίας Σοφίας, όπως και της Παναγίας της Ακρωτηριανής, είναι ο ίδιος που αναφέρθηκε παραπάνω για την ανέγερση του μεγάρου από τον Μέτζο, με την προϋπόθεση πάντα ότι η ίδρυσή τους υπήρχε σύγχρονη, η οποία προϋπόθεση ενισχύεται και από τη μεγάλη οικοδομική ομοιότητα και ανάμεσα στις πόρτες, όπως και ανάμεσα στα άλλα τμήματά τους.
Με τη βεβαιότητα ότι βρήκαμε τον χρόνο της ιδρύσεως της Μονής φτάνουμε στο ερώτημα, ποιός είναι ο ιδρυτής της η ο χορηγός της ιδρύσεως; Η απάντηση σ' αυτό το ερώτημα είναι δύσκολη, διότι δεν έχουμε κανένα στοιχείο που να βοηθά σε αυτό. Πάντως θα ήταν κάποιος πλούσιος και ευσεβής, αλλά ποιός;
Στο συγκεκριμένο ζήτημα πρέπει να στηριχθούμε σε συλλογισμούς και στα συμπεράσματα που απορρέουν από αυτούς. Θα εκφράσουμε μία άποψη, ίσως αυθαίρετη και τολμηρή, αλλά όχι και τόσο απίθανη. Αφού αποδεχθήκαμε ότι οι παραδόσεις που σώζονται σχετικά με τη Μονή δεν είναι θρύλος και ότι τα τρία ιδρύματα ανεγέθηκαν με την καθοδήγηση των τριών αδελφών ταυτόχρονα, πρέπει να αναζητήσουμε τους ιδρυτές και χρηματοδότες στον ίδιο κύκλο.
Ο Μέτζος, όπως είναι το κοινά αποδεκτό, χρηματοδότησε την ανέγερση του μεγάρου του στην Ετιά. Αλλά αυτός ήλθε σε γάμο με γυναίκα από την ευγενή και πλούσια οικογένεια των Κορνάρων, όπως είδαμε παραπάνω. Αυτοί που συγγένευσαν με τον Ενετό πλούσιο πιθανότατα διέμεναν όλοι η κάποιοι από αυτούς στο ίδιο διαμέρισμα με τον Μέτζο, δηλ. στο διαμέρισμα της Ετιάς, το οποίο λίγο απέχει από την εν λόγω Μονή.
Υπάρχουν πολλές ενδείξεις ότι οι οικογένεις των Κορνάρων στη Σητεία είχαν εκκρητισθεί και είχαν ασπαστεί το ορθόδοξο δόγμα, όπως και πολλές άλλες οικογένειες, ιδιαίτερα με την επάνάσταση και ανακήρυξη της Δημοκρατίας κατά το 1363. Αν δεχθούμε τη γνώμη του αειμνήστου Αντ. Γιάνναρη, ότι ο Βιτσέντζος Κορνάρος, ο γιος του Φραγκίσκου Κορνάρου και της Σεμνής, θυγατέρας του Μέτζου, ιδιοκτήτη του μεγάρου στην Ετιά, ήταν ο ποιητής του Ερωτόκριτου, δεν πρέπει να αμφιβάλλομε καθόλου ότι ο ποιητής αυτός όχι μόνο Έλληνας ήταν στα αισθήματα αλλά και χριστιανός ορθόδοξος. Και άλλοι από την οικογένεια αυτή, όπως θα δούμε παρακάτω είχαν εκκρητιστεί σε όλα.
Δεν είναι λοιπόν καθόλου απίθανο κάποιοι από τις οικογένειές τους να υπήρξαν οι κτήτορες όχι μόνο της Αγίας Σοφίας αλλά και της Παναγίας της Ακρωτηριανής. Ο Μέτζος βέβαια δεν ήταν ο τρίτος αδελφός, αλλά η στενή συγγένειά του με τους Κορνάρους δικαιολογεί τη σύγχυση της παράδοσης. Για την Παναγία την Ακρωτηριανή γνωρίζουμε πόσο ενδιαφέρον έδειξαν πολλοί από τους απογόνους της οικογένειας αυτής.
Ο ιστορικός Ανδρέας Κορνάρος, ο οποίος έδρασε από το 1545 έως το 1622, άφησε με πλούσια διαθήκη του κληροδοτήματα από πολλά κτήματα και χρήματα στους μοναχούς της Μονής αυτής, όπως και σε εκκλησίες διαφόρων χωριών της Σητείας, υπέρ αναπαύσεως της ψυχής των γονέων και συγγενών του· το οποίο σημαίνει ότι ο σοφός αυτός άνδρας είχε εκκρητιστεί και ασπαστεί το ορθόδοξο δόγμα.
Ένας άλλος απόγονος των οικογενειών αυτών ο Ιωάννης Κορνάρος αγιογράφησε το 1770 την περίπυστη εικόνα που σώζεται μέχρι σήμερα στη Μονή και η οποία ερμηνεύει με πολύπλοκη και πολύ λεπτή εργασία τις σκηνές του «Μέγας ει Κύριε».
Το 1808 ο Εμμ. Κορνάρος δώρησε στη Μονή περίφημο αργυρόδετο Ευαγγέλιο με παραστάσεις της σταυρώσεως και της αναστάσεως, μπροστά και πίσω, τους τέσσερεις Ευαγγελιστές και τους τέσσερεις προφήτες Δαυΐδ, Σολομώντα, Ησαΐα και Αββακούμ.
Κατά τον ίδιο περίπου χρόνο έγινε Ηγούμενος της Μονής ο Ζαχαρίας Κορνάρος, ο οποίος αντικατέστησε τον προκάτοχό του Ιερεμία, που δολοφονήθηκε. Επί της ηγουμενίας του Ζαχαρίου Κορνάρου η Μονή υπέστη πολλές καταστροφές και ζημιές και οι μονάζοντες σ' αυτή υπέστησαν φυλακίσεις και βασανιστήρια λόγω του φόνου του γεννίτσαρου από την Κάτω Πισκοπή, ο οποίος ήταν γνωστός ως Κασάπης, από άλλο Οθωμανό.
Η στοργή λοιπόν αυτή των Κορνάρων και οι συνεχόμενες σχέσεις αυτών με τη Μονή μας δίδουν το δικαίωμα να εικάσουμε ότι οι οικογένειες αυτών είχαν πολλά δικαιώματα πάνω στη συγκεκριμένη Μονή, διότι πολύ πιθανόν είναι οι πρόγονοί τους να υπήρξαν οι κτήτορες και οι χορηγοί της ιδρύσεως αυτής.
Αν παραδεχθούμε ότι η Μονή Τοπλού είχε κτήτορες η χρηματοδότες από την οικογένεια των Κορνάρων, καθόλου δεν πρέπει να διστάσουμε να παραδεχθούμε ότι και η ίδρυση της Μονής Αγίας Σοφίας υπήρξε μέλημα κάποιων μελών της ίδιας οικογένειας, πολύ περισσότερο διότι κοντά στη Μονή αυτή, στο χωριό Ετιά, όπως ήδη αναφέρθηκε, κατοικούσαν πλούσια μέλη από την συγκεκριμένη οικογένεια.
Ίσως βέβαια και στο χωριό Αρμένους, το οποίο επίσης βρίσκεται κοντά στη Μονή, να κατοικούσαν από τα μέλη αυτά εκείνα τα χρόνια, διότι μεταγενέστερα, τις τελευταίες δεκαετίες του 18ου αιώνα, υπήρχε ιερέας με το όνομα Μιχαήλ Κορνάρος στο χωριό αυτό, όπως και πριν από ογδόντα χρόνια οικογένεια Κορνάρων, η οποία μετακόμισε στην Ιεράπετρα, και αποτελεί ήδη την εκεί πολυμερή οικογένεια των Κορνάρων. Στην περίπτωση αυτή δεν αποκλείεται οι Κορνάροι των Αρμένων να προέρχονται από το χωριό Ετιά, το οποίο κατοικούνταν από πολλούς Ενετούς και εγκαταλείφθηκε μετά την κατάληψη του χωριού από τους Τούρκους.
Όπως ήδη αναφέρθηκε η Μονή της Αγίας Σοφίας κατά την παράδοση απέκτησε μεγάλες περιουσίες σε πολλές περιοχές όπως στα Πιλαλήματα, στον Μαρουλά, στην Ετιανή Κεφάλα, στα Περδικονερά και αλλού, τις οποίες οι κατακτητές Τούρκοι της Ετιάς άρπαξαν από αυτήν.
Στην περιφέρεια της Μονής αναφέρονται κατά τους χρόνους της ιδρύσεως άλλοι πλούσιοι, οι οποίοι μπορούσαν να την προικοδοτήσουν με γενναίες δωρεές, εκτός από τους Κορνάρους.
Η Μονή, η οποία έχει τόση περιουσία, πάντως θα είχε και πολυάριθμο προσωπικό, ιερωμένους και λαϊκούς. Στη Μονή θα πρέπει να ανήκαν και τα δύο παρεκκλήσια που βρίσκονται στις δυτικές πλαγιές του βουνού που βρίσκεται απέναντι με το όνομα «Γαγκέλες», το ένα ήδη ερειπωμένο και το άλλο με το όνομα «Άγιο Πνεύμα» να λειτουργεί, αφού ανακαινίσθηκε πριν από λίγα χρόνια από τους κατοίκους του χωριού Αρμένοι. Μέσα στον ναό που ανακαινίσθηκε αναβλύζει από τον βράχο θαυματουργό νερό, όπως διαδίδεται από τους επισκέπτες του. Πιθανότατα από παλιά να αποτελούσαν αυτά ασκητικά κατοικητήρια.
Πως διοικήθηκε η Μονή και από ποιούς δυστυχώς στερούμαστε κάθε στοιχείου για να κρίνουμε. Φαίνεται ότι αυτή ερημώθηκε πολλές φορές και εξαφανίσθηκε κάθε διαφωτιστικό στοιχείο της κατάστασης. Από ποιά αίτια επήλθε η ερήμωση αυτή δυσκολευόμαστε να απαντήσουμε με κάποια θετικότητα.
Καταστροφικοί σεισμοί κατά τα χρόνια υπήρξαν πολλοί και πολλές βαρβαρικές επιδρομές γίνονταν κατά της Σητείας, αλλά εάν έφθασαν μέχρι τη Μονή αυτό είναι άγνωστο. Ένα είναι βέβαιο ότι αυτή κατά το έτος 1634 βρέθηκε καταστραμμένη και ανακαινίσθηκε κατά το έτος αυτό, από ποιόν όμως δεν γνωρίζει κανείς.
Η χρονολογία 1634 δεν μπήκε στη θύρα της Μονής χωρίς λόγο. Αυτός όμως που επιχείρησε την ανακαίνιση, άγνωστος σε εμάς, δεν είχε τη φιλοδοξία να προσθέσει κάτι άλλο παρά να εξάρει το γεγονός η και την προσωπικότητά του, όπως έπραξε ο Παντόγαλος Γαβριήλ, που ανακαίνισε τη Μονή της Παναγίας της Ακρωτηριανής, η οποία ίσως κατέρρευσε κατά τα ίδια χρόνια και από την ίδια αιτία.
Κατά το έτος 1612 συνέβη στην Κρήτη μεγάλος σεισμός κατά τον οποίο κατέρρευσαν πολλές οικοδομές και καταποντίσθηκαν πολλά πλοία. Να υποθέσουμε ότι κατά τα ίδια χρόνια και από την ίδια αιτία κατέρρευσαν και οι δύο Μονές; Καθόλου απίθανο.
Αλλά η ταχύτερη ανακαίνιση της Ιεράς Μονής Παναγίας Ακρωτηριανής Τοπλού οφειλόταν στον δραστήριο και μεγάλης μόρφωσης Ηγούμενό της Παντόγαλο Γαβριήλ, με τη βοήθεια και της Ενετικής Συγκλήτου, η οποία ενδιαφερόταν για την ενίσχυση της Μονής για λόγους μάλλον στρατιωτικούς παρά από ευμένεια προς την ορθόδοξη Μονή. Για την ανακαίνιση, όμως, της Αγίας Σοφίας δεν συνέτρεχε παρόμοιος λόγος· ίσως και διότι η Μονή δεν καταστράφηκε ολοκληρωτικά και οι μονάζοντες σε αυτή εγκαταβιούσαν χωρίς μεγάλο πρόβλημα, εξοικονομώντας τα αναγκαία εκ των ενόντων.
Και μετά την ανακαίνιση αυτή η Μονή υπέστη νέα καταστροφή και νέα ερήμωση. Πότε και από ποιούς ερημώθηκε δεν μπορούμε να εξακριβώσουμε. Πιθανώς η καταστροφή αυτή να επήλθε κατά την κατάκτηση της Σητείας από τους Τούρκους, είτε και αργότερα αυτής, οπότε της αφαιρέθηκε η περιουσία της.
Η Μονή έχει σχήμα τετραγώνου με ίσες πλευρές. Από τα παλαιά ερείπια που φαίνονται έως σήμερα, η Μονή περιβαλλόνταν από τείχος, μέσα στο οποίο υπήρχε η μεγάλη αυλή, όπου περικλειόταν ο ναός, ο οποίος μάλλον πλησιάζει προς τη νότια πλευρά του τείχους· ενώ γύρω από τις άλλες πλευρές ήταν κτισμένα τα κελλιά των μοναχών και οι αποθήκες της Μονής.
Η εκκλησία είναι μονόκλιτη Βασιλική χωρίς νάρθηκα, η οποία έχει μία ημικυκλική κόγχη του ιερού βήματος, και κατά μήκος χωρίζεται σε δύο ίσα τμήματα. Το τμήμα που βρίσκεται κοντά στο Ιερό είναι χαμηλότερο από αυτό που βρίσκεται πίσω. Από αυτό εικάζεται ότι η εκκλησία ανεγέρθηκε σε δύο διαφορετικά χρονικά διαστήματα. Είναι πιθανότερο ότι το τμήμα που βρίσκεται κοντά στο Ιερό κτίσθηκε αρχικά όταν ιδρύθηκε και η Μονή, αν όχι και νωρίτερα, και το πίσω τμήμα ίσως προστέθηκε κατά την ανακαίνιση της Μονής και κατά την παραπάνω χρονολογία που αναφέραμε. (Ανάλογη διαφορά παρατηρείται και στις δύο παλιές εκκλησίες του χωριού των Αρμένων που βρίσκονται κοντά στη Μονή, των Ι. Ναών της Κοιμήσεως της Θεοτόκου και του Αγίου Γεωργίου, των οποίων το τμήμα που βρίσκεται κοντά στο Ιερό είναι χαμηλότερο από το πίσω τμήμα, γεγονός που σημαίνει ότι κτίσθηκε πολύ μεταγενέστερα, αφού τα πρώτα τμήματα που ήταν πολύ παλαιά κοσμούνταν από αγιογραφίες, οι οποίες έχουν καταστραφεί).
Η εκκλησία έχει δύο πόρτες: μία προς τη βόρεια πλευρά της αυλής και μία άλλη προς τη νότια, ακριβώς στο μέρος όπου έγινε η προσθήκη του άλλου τμήματος. Από αυτό συμπεραίνουμε ότι αρχικά η εκκλησία είχε μία θύρα από τη δυτική πλευρά, όπως συνηθιζόταν τότε λόγω του μικρού μεγέθους της.
Εκτός από τις δύο πόρτες στη βόρεια και στη νότια πλευρά, όπου υπάρχουν δύο τάφοι, καλά κτισμένοι, μέσα στους οποίους λέγεται ότι τάφηκαν δύο επίσκοποι, γεγονός όχι απίθανο, διότι κατά τους μεταγενέστερους χρόνους παραθέριζαν σ' αυτή, όπως και κατά το 1701 ο Επίσκοπος Ιεράς Μελέτιος Τριβιζάς (πέθανε στις 5 Απριλίου 1713 σύμφωνα με χειρόγραφο που βρέθηκε στην Ιερά Μονή Τοπλού) και κατά το 1880 ο Επίσκοπος Γρηγόριος Παπαδοπετράκης. Ίσως εντούτοις και κάποιοι γέροντες Επίσκοποι της Επισκοπής Σητείας να αποσύρονταν σ΄ αυτή τη Μονή κατά το τέλος της ζωής τους και πέθαιναν σ? αυτή, αφιερώνοντας την περιουσία τους.
Η αρχιτεκτονική της Εκκλησίας, παρ? όλη την απλότητά της είναι αρκετά καλλιτεχνική, κυρίως στο εξωτερικό. Οι πόρτες και τα παράθυρα είναι τετράγωνα, τα οποία φέρουν πάνω στο υπέρθυρο καλλιτεχνικό τοξοειδές τύμπανο. Οι τοίχοι και των δύο πλευρών κοντά στο Ιερό Βήμα φέρουν διαζώματα από κατεργασμένες πέτρες (πωρόλιθους) που καταλήγουν σε κοχλίες προς το Ιερό. Το πίσω τμήμα του ναού, όπως και το εσωτερικό του, δεν παρουσιάζουν τίποτα το ενδιαφέρον. Από αυτό συμπεραίνεται ότι το πρώτο τμήμα κτίσθηκε από ειδικούς τεχνίτες με ιδιαίτερη επιμέλεια.
Το τέμπλο είναι σκαλιστό από ξύλο καρυδιάς. Φαίνεται κατασκεύασμα μεταγενεστέρων χρόνων. Σε κάποια σημεία αυτού παρατηρούνται κάποιες οπές, οι οποίες είναι πιθανό να προήλθαν από σφαίρες πυροβόλου όπλου. Έχομε παραδείγματα άλλων εκκλησιών, στις οποίες κατά διάφορες επαναστάσεις, οι Τούρκοι ωθούμενοι από θρησκευτικό φανατισμό κατέστρεφαν τα μάτια των αγίων, είτε με τη λόγχη είτε με σφαίρες όπλου. Δεν είναι καθόλου παράδοξη τέτοια βανδαλική πράξη να έγινε και εδώ, η οποία κατέστρεψε και τις άγιες εικόνες, διότι τα δωδεκάορτα, οι πύλες του ιερού και τα κράσπεδα του τέμπλου καταστράφηκαν, άγνωστο πότε και αντικαταστάθηκαν μεταγενέστερα από άλλα κακότεχνα.
Οι παλαιότερες τρεις σωζόμενες εικόνες, αυτή του Χριστού και της Αγίας Σοφίας δεν φαίνονται καλής τέχνης. Μόνο η εικόνα της Παναγίας είναι παλιότερη και καλής τέχνης, της λεγόμενης κρητικής ζωγραφικής. Μάλιστα παριστάνει την Παναγία, την επωνομαζομένη Γλυκοφιλούσα, η οποία κρατά τον Χριστό στην αγκαλιά της. Ο χρωματισμός της διατηρείται πολύ ζωηρός.
Η Μονή μετά την ανακαίνιση, το 1634, υπέστη νέα καταστροφή και ερήμωση, άγνωστο πότε και από ποιά αιτία. Η περιουσία της αρπάχθηκε από τους Τούρκους, όπως ειπώθηκε, και διασώθηκε μόνο ένα μικρό μέρος γύρω από τη Μονή, η οποία διαχειριζόταν από την κοινότητα Αρμένων, που φρόντιζε και για τη συντήρηση του ναού, ο οποίος έμεινε άθεικτος, εκτός από λίγες εσωτερικές ζημιές από τη νέα αυτή καταστροφή, μέχρι το 1858.
Κατά το έτος τούτο επετράπηκε στους χριστιανούς του νησιού να ιδρύσουν σχολεία, σύμφωνα με σουλτανικό διάταγμα, το οποίο εκδόθηκε ως συνέπεια της επανάστάσεως που ξέσπασε το έτος εκείνο. Η επανάσταση αυτή αποκαλείται ως η επανάσταση του Μαυρογένη, από το όνομα του πρωτοστάτη του κινήματος του 1841 Εμμανουήλ Μαυρογένη από τους Λάκκους Κυδωνίας.
Οι χριστιανοί κάτοικοι της Σητείας, αφού επωφελήθηκαν από αυτό το προνόμιο, συνεννοήθηκαν και βρήκαν ως κατάλληλο μέρος για την ίδρυση επαρχιακού σχολείου στη Μονή αυτή. Φαίνεται όμως ότι μετά την ανέγερση των τοίχων, αφού διαφώνησαν οι ιδρυτές, και ιδιαιτέρως αυτοί που ήταν από το Πισκοκέφαλο, οι οποίοι ήθελαν δικό τους σχολείο, το εγκατέλειψαν χωρίς στέγη.
