Το Αρχαιολογικό Μουσείο Σητείας άνοιξε τις πύλες του για το κοινό το 1984, εκατό χρόνια μετά τις πρώτες επίσημες ανασκαφές στην περιοχή από την Ιταλική Αρχαιολογική Σχολή. Μεγαλύτερο και πλουσιότερο σύνολο θεωρείται αυτό του ανακτόρου της Κάτω Ζάκρου με πολυάριθμα και σπουδαία ευρήματα, ορισμένα από τα οποία αποτελούν αριστουργήματα της μινωικής τέχνης. Πιο διάσημο αντικείμενο του Μουσείου θεωρείται το χρυσελεφάντινο αγαλματίδιο από τη μινωική πόλη του Παλαικάστρου.
Το μουσείο αποτελεί πλήρες μουσειακό συγκρότημα, που διαθέτει αποθηκευτικούς και εργαστηριακούς χώρους, γραφεία για το επιστημονικό, διοικητικό και φυλακτικό προσωπικό και μικρή αρχαιολογική βιβλιοθήκη. Μπαίνοντας από την κύρια είσοδο στον προθάλαμο βρίσκονται στα δεξιά το εκδοτήριο εισιτηρίων και το πωλητήριο βιβλίων και καρτών και μπροστά οι τουαλέτες των επισκεπτών. Στα αριστερά ανοίγεται ο ενιαίος εκθεσιακός χώρος, ο οποίος χωρίζεται σε τέσσερις ενότητες με διαχωριστικούς πίνακες που παρέχουν στον επισκέπτη δίγλωσσο πληροφοριακό υλικό. Τα ευρήματα καλύπτουν μια περίοδο 4.000 περίπου χρόνων, από την Ύστερη Νεολιθική έως την Ύστερη Ρωμαϊκή Περίοδο και παρουσιάζονται κυρίως σε ανασκαφικά σύνολα κατά περιοχές. Οι προθήκες παρέχουν γενική πεντάγλωσση ενημέρωση στον επισκέπτη, η οποία στο μέλλον θα γίνει πιο λεπτομερειακή χωρίς να θιγεί η αισθητική των ευρημάτων.
Η περιήγηση αρχίζει από τον προθάλαμο, στο κέντρο του οποίου εκτίθεται το περίφημο χρυσελεφάντινο αγαλματίδιο από τη μινωική πόλη του Παλαικάστρου. Πρόκειται για αριστουργηματικό κομμάτι της τέχνης των Μινωιτών.
Στη δεύτερη ενότητα εκτίθενται τα ευρήματα από το ανάκτορο της Κάτω Ζάκρου και την περιοχή του: γιγάντια πιθάρια, πλήθος διακοσμημένων αγγείων και σκευών, ένας πίθος με έγχρωμη διακόσμηση, κομψοτεχνήματα μικροτεχνίας. Η προθήκη 16 περιλαμβάνει ένα θαυμάσιο σύνολο πινακίδων της Γραμμικής Γραφής Α από το αρχειοφυλάκειο του ανακτόρου.
Στην τρίτη ενότητα παρουσιάζονται ευρήματα που προέρχονται κύριως, από ταφικά σύνολα της γεωμετρικής και αρχαϊκής Σητείας. Στην προθήκη 22 μπορεί κανείς να δει ανάγλυφα πλακίδια και ειδώλια από τον αποθέτη αρχαϊκού ιερού που βρέθηκε στην πόλη της Σητείας. Εντυπωσικά είναι τα σύνολα των ευρημάτων Ελληνιστικών και Ελληνρωμαϊκών Χρόνων στην τέταρτη ενότητα από τον Ξηρόκαμπο, τη Ζήρο, τον Τρυπητό, την έπαυλη του Μακρύ Γιαλού, το Κουφονήσι κλπ.
