Κατηγορήθηκε ως ιερόσυλος, αφού στον «Τελευταίο Πειρασμό» ο συγγραφέας παρουσίαζε το Χριστό με ανθρώπινες αδυναμίες. Το ίδιο και στο έργο του «Ο Χριστός ξανασταυρώνεται», στο οποίο έγραφε για τις αμαρτωλές αδυναμίες των ιερέων. Ωστόσο ο «Καπετάν Μιχάλης» ήταν το έργο του που χαρακτηρίστηκε «αντιχριανικόν και αντιεθνικόν»..
Η «Ασκητική» ήταν το πρώτο βιβλίο για το οποίο κινδύνεψε ο Νίκος Καζαντζάκης να καθήσει στο εδώλιο «επί χλευασμώ της θρησκείας» το 1930. Αργότερα, κατηγορήθηκε ως ιερόσυλος, αφού στον «Τελευταίο Πειρασμό» ο συγγραφέας παρουσίαζε το Χριστό με ανθρώπινες αδυναμίες. Το ίδιο και στο έργο του «Ο Χριστός ξανασταυρώνεται», στο οποίο έγραφε για τις αμαρτωλές αδυναμίες των ιερέων. Ωστόσο ο «Καπετάν Μιχάλης» ήταν το έργο του που χαρακτηρίστηκε «αντιχριανικόν και αντιεθνικόν». Υπήρξε μάλιστα επιστολή προς το Ιερατείο που ανέφερε ότι το βιβλίο αυτό εξευτελίζει τον αγώνα των Κρητών γιατί περιγράφει τον καπετάν Μιχάλη ως μέθυσο και τον Πολυξίγκη ως ερωτύλο. Και προσβάλει και την εκκλησία γιατί στο κεφάλαιο με την κατήχηση της Εμινέ εκείνη λέει ότι ο Θεός είναι γέρος κοτσωνάτος και ο Χριστός ο γλυκός, ντεληκανής γιός του.
«Μου δώσατε μια κατάρα, Άγιοι Πατέρες, σας δίνω μια ευχή:
Σας εύχομαι να 'ναι η συνείδησή σας τόσο καθαρή όσο η δική μου και να 'στε τόσο ηθικοί και θρήσκοι όσο είμαι εγώ». Αυτή ήταν η δημόσια απάντηση του συγγραφέα στις απειλές της εκκλησίας για αφορισμό.
