Γεννήθηκε στους Λάκκους Χανίων το 1827 ή 1831. Η καταγωγή του ήταν από ιστορική οικογένεια που ανέρχεται στην Ενετική εποχή. Λίγα γράμματα έμαθε στην Κρήτη, τα εκκλησιαστικά και τα κολλυβογράμματα. Η έστω και λίγη παιδεία του, καθώς και η επίσκεψη που έκανε στον Άγιο Τάφο τον προκαθόρισαν για μελλοντικό ιερέα. Με την έκρηξη του κριμαϊκού πολέμου όμως, οι Τούρκοι άρχισαν διωγμούς και στην απόμακρη Κρήτη, και ένας από τους καταδιωγμένους έγινε ο ατίθασος Χατζημιχάλης, επειδή δεν ήταν αρεστός στην Τούρκικη εξουσία.
Αναγκάστηκε να κρυφτεί πότε στο ένα, πότε στο άλλο μοναστήρι, με την πρόφαση ότι ήθελε να καλογερέψει. Άλλαξε και το όνομά του και μετονομάστηκε Σάββας. Μια νύχτα, έπιασε να τραγουδάει επαναστατικά τραγούδια στο μοναστήρι, και την άλλη μέρα, μαζί με άλλους, βρέθηκε στην φυλακή του Ηρακλείου, όπου έμειναν ένα μήνα. Ακολούθησαν και άλλες πολλές και πολυτάραχες περιπέτειες, που τον έφεραν στον δρόμο της επανάστασης κατά της τουρκικής κυβέρνησης.
Το 1858 ήρθε στην Αθήνα και συνέστησε στρατιωτικό σώμα. Το Κρητικό Τάγμα αυτό διαλύθηκε μετά από λίγο και ο Χατζημιχάλης επέστρεψε το 1860 στην Κρήτη. Πολέμησε στην επανάσταση της Κρήτης το 1866 - 1869 και έγινε ξακουστός για τα κατορθώματά του.
Απεβίωσε στα Χανιά το 1916.
