H Κρήτη τελούσε υπό συνεχή απειλή Τουρκικής εισβολής κατά τη διάρκεια των τελευταίων χρόνων της Βενετοκρατίας. Η εισβολή άρχισε το 1645 με επίθεση κατά των Χανίων.
Εξήντα χιλιάδες Τούρκοι στρατιώτες αποβιβάστηκαν με στόλο που αποτελούνταν από 400 καράβια και σύντομα κατάλαβαν τα Χανιά. Το Ρέθυμνο ήταν ο επόμενος στόχος και έπεσε στα χέρια των Τούρκων το 1646. Με το τέλος του 1648 ο Τούρκος Αυτοκράτορας Οττομάν είχε υπό τον έλεγχό του ολόκληρη την Κρήτη εκτός το Ηράκλειο, του οποίου η πολιορκία κράτησε 21 χρόνια. Τελικά στις 27 Σεπτεμβρίου 1669, το Ηράκλειο παραδόθηκε. Η ηρωική μάχη στοίχισε τη ζωή 117.000 Τούρκων και περίπου 30.000 Κρητών και Βενετών.
Η τελευταία σελίδα της τουρκικής κατοχής διαδραματίστηκε στο Ηράκλειο τον Αύγουστο του 1898 όταν εξαγριωμένοι Τούρκοι επιτέθηκαν και έσφαξαν εκατοντάδες άμαχους χριστιανούς και 17 Άγγλους στρατιώτες μαζί με τον Πρόξενο της Αγγλίας Λυσ. Καλοκαιρινό. Το Νοέμβριο του ίδιου έτους φεύγει από το νησί και ο τελευταίος Τούρκος στρατιώτης, ενώ τον επόμενο μήνα αποβιβάζεται στη Σούδα ο Ύπατος αρμοστής Πρίγκιπας Γεώργιος και εγκαθιδρύεται έτσι η Κρητική Πολιτεία υπό την «υψηλή προστασία»της Αγγλίας, Ιταλίας, Γαλλίας και Ρωσίας έως το 1913 οπότε επιτυγχάνεται η ένωση με την Ελλάδα.
Η Κρήτη αποτέλεσε μια νέα διοικητική περιφέρεια της οθωμανικής αυτοκρατορίας με έδρα το Χάνδακα που ονομάζεται τώρα από τους Τούρκους Kandiye ή Κάστρο. Εδώ βρίσκονται όλες οι υπηρεσίες και η έδρα του Γραμματικού δηλαδή του διερμηνέα της Πύλης. Ο Χάνδακας είχε σχεδόν ολοκληρωτικά καταστραφεί και ερημωθεί. Έγιναν εκτεταμένες επισκευές σε κτίρια και στον οχυρωματικό περίβολο,ενώ οι περισσότερες εκκλησίες μετατράπηκαν σε τζαμιά. Με νέες κρήνες που κτίστηκαν σε διάφορα σημεία της πόλης προσπάθησαν οι Τούρκοι να αντιμετωπίσουν την έλλειψη του νερού.
Η πολιτισμική αναγέννηση της προηγούμενης περιόδου διακόπηκε, ενώ παρόμοια κάμψη χαρακτηρίζει την οικονομία και το εμπόριο. Από τις αρχές του 18ου αιώνα ωστόσο παρατηρείται μια σταδιακή ανάπτυξη και μια αλλαγή στην οικονομική ζωή της πόλης με τη συμμετοχή των χριστιανών σε διάφορες εμπορικές δραστηριότητες. Οι επαναστάσεις βέβαια όλη αυτήν την περίοδο δεν σταματούν δείχνοντας έτσι τον πόθο του κρητικού λαού για απελευθέρωση
και ένωση με την Ελλάδα. Στις πρώτες δεκαετίες του επόμενου αιώνα η πόλη μετονομάζεται σε Ηράκλεια και αργότερα σε Ηράκλειο, όπως είναι γνωστή και σήμερα. Οι Τούρκοι... μεταφέρουν την πρωτεύουσα του νησιού στα μέσα του αιώνα από το Ηράκλειο στα Χανιά δίχως όμως αυτό να συνεπάγεται και την ελάττωση της δυναμικότητας του Ηρακλείου που αναπτύσσεται σε ένα από τα σημαντικότερα αστικά κέντρα της εποχής αυτής με μεγάλη εμπορική και οικονομική άνθηση.
ΕΠΙΜΕΛΕΙΑ - ΑΝΤΩΝΗΣ ΓΕΝΝΑΡΑΚΗΣ
ΦΩΤΟ - ΔΗΜΟΣ ΗΡΑΚΛΕΙΟΥ
