Το 1898 σχηματίστηκε Κρητική κυβέρνηση στο νησί με ανώτατο κυβερνήτη τον Πρίγκιπα Γεώργιο νεότερο γιο του βασιλιά της Ελλάδας Γεώργιου. Ο στόχος όμως των περισσότερων Κρητικών παρέμεινε η ένωση με την Ελλάδα. Υπήρχαν αρκετές αντιδράσεις κάθε φορά που ο ανώτατος κυβερνήτης επέβαλλε περιορισμούς στις ανθρώπινες ελευθερίες.
Αυτό το άσβηστο επαναστατικό πνεύμα οδήγησε στην Επανάσταση του Θερίσου το 1905. Αρχηγός της επανάστασης ήταν ο Ελευθέριος Βενιζέλος ο οποίος είχε πολεμήσει στους τελευταίους αγώνες για την ανεξαρτησία και είχε διοριστεί Υπουργός Δικαιοσύνης από τον Πρίγκιπα Γεώργιο.
Η επανάσταση δεν κράτησε πολύ η υποστήριξη όμως στον Βενιζέλο ήταν τόσο ισχυρή ώστε ο Πρίγκιπας Γεώργιος αναγκάστηκε να υποβάλλει παραίτηση.
Οι Μεγάλες Δυνάμεις απέσυραν τις στρατιωτικές δυνάμεις τους από την Κρήτη, ο ανώτατος διοικητής αποχώρησε και εγιναν εκλογές από τις οποίες νικητής βγήκε ο Βενιζέλος.
Όταν ο “Στρατιωτικός Σύνδεσμος” της Αθήνας ήρθε στην εξουσία ζητήθηκε από το Βενιζέλο να γίνει πρωθυπουργός της Ελλάδας. Η πολυπόθητη ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα πραγματοποιήθηκε το 1913, όταν με τη Συνθήκη του Λονδίνου, ο Σουλτάνος Μωχάμετ ΙΙ παραιτήθηκε των δικαιωμάτων του από το νησί.
Το Δεκέμβριο η Ελληνική σημαία υψώθηκε στο Κάστρο του Φιρκά στα Χανιά, ενώπιον του Βενιζέλου και του Βασιλιά Κωνσταντίνου. Η Κρήτη πλέον ήταν ένα με την υπόλοιπη Ελλάδα.
